Между тем из Москвы поднялись тревоги на Малороссийскую Церковь по поводу спора о святой Евхаристии. Эти тревоги не прошли без неприятностей для занятий св. Димитрия житиями святых. Патриарх Иоаким, не доверяя Православию малоросских ученых, как состоявших под влиянием Запада, вытребовал в Москву Четьи–Минеи Макария и в грамоте выражал сильное неудовольствие за печатание первой части Миней без его рассмотрения, указав притом на несколько ошибок в печатном ее издании. В половине 1689 г. св. Димитрий был сам в Москве с новым гетманом. Они были представлены царю Иоанну Алексеевичу и царевне Софии. В тот же день святой Димитрий представился патриарху Иоакиму. Спустя месяц после своего приезда святой Димитрий вместе с гетманом были в Троице–Сергиевой лавре. Здесь тогда жил царь Петр Алексеевич, скрывавшийся от покушений царицы Софии. Он милостиво принял Димитрия. В лавре же Димитрий имел случай видеть патриарха. «Мы посещали его часто, — говорит сам святой, — он благословил мне, грешному, продолжать писания Житий святых и дал на благословение мне образ Пресвятой Богородицы в окладе».
По возвращении из Москвы св. Димитрий усердно продолжал заниматься благочестивым трудом своим, и замеченные в первой части недосмотры заставили его только удвоить осторожность. Чтобы иметь более свободы для труда своего, он начал жить в ските близ церкви св. Николая Крупицкого. Новый Московский патриарх Адриан прислал от 3 октября 1690 г. похвальную грамоту Димитрию. «Сам Бог, — писал патриарх, — воздаст ти, брате, всяцем благословением благостынным, написуя тя в книге живота вечнаго, за твои богоугодные труды в писании, исправлении же и типом издании книги душеполезныя Жития святых на три месяцы первые. Той же и впредь да благословит, укрепят и поспешит потруждатися тебе даже на всецелый год и прочия таковыя же Жития святых книги исправити совершенно и типом изобразити».
В ответ на это послание св. Димитрий с чувством смирения излил благодарность доброму пастырю Церкви за его внимание к труду для святых и просил прислать взятые у него Минеи Макария. Получив Минеи на весь год, св. Димитрий заключился в новой келлии скита и отказался от управления монастырем Батуринским. Живя в уединенной своей келлии, он составил вторую книгу, заключающую в себе три месяца — декабрь, январь и февраль, и 9 мая 1693 г. сам привез ее в Киево–Печерскую типографию.
Но как ни стремился трудолюбивый инок к тихой и уединенной жизни, люди, ценившие его высокие душевные качества, не давали ему покоя. Так, пока святой Димитрий наблюдал за печатанием своего труда, новый архиепископ Черниговский, святой Феодосий Углицкий, убедил его принять на себя управление Петропавловской обителью, в 27 верстах от города Глухова. Во время пребывания его в сем монастыре, в январе 1695 года, окончено было печатание второй четверти Четьих–Миней. И за эту книгу патриарх Адриан удостоил Димитрия таких же похвал, как и за первую, прислав ему другую одобрительную грамоту. Это побудило Димитрия усердно продолжать свой труд, и он начал готовить третью книгу
В начале 1697 года святой Димитрий был назначен настоятелем Киевского Кириллова монастыря, а через пять месяцев после сего, 20 июня, его посвятили в архимандрита Черниговского Елецкого Успенского монастыря. Так исполнилось, наконец, благожелание Лазаря Барановича: Димитрий получил митру. Но, возведенный в сан архимандрита, святой Димитрий, памятуя слова Писания:
Прошло еще два года, и святой Димитрий был переведен в Спасский Новгород–Северский монастырь. Это был последний монастырь, коим он управлял. Здесь он окончил третью четверть Миней–Четьих, которая и была напечатана в январе 1700 года. После сего архимандрит лавры Иоасаф Кроюковский с братией, в знак особенного уважения к составителю Житий святых, прислал ему в дар икону Пресвятой Богородицы, пожалованную царем Алексеем Михайловичем Киевскому митрополиту Петру Могиле во время венчания своего на царство.