Этот открытый новому сильный человек подготовил свое возвышение, будучи еще воспитателем Алексея. Теперь он укрепил эту связь, став свояком нового царя. Незадолго до своего восемнадцатилетия Алексей высказал намерение жениться, и по старинному обычаю в Москву со всей страны были свезены двести юных девушек, из которых были выбраны шесть. Из этих шести Алексей сначала выбрал Евфимию Всеволожскую, которая, правда, вовремя представления царю упала в обморок. Стали подозревать, что она скрывает падучую болезнь. Поэтому Евфимию с родителями сослали в Сибирь, а выбор царя пал на Марию Милославскую, дочь обедневшего стольника. И. Д. Милославский принадлежал к клиентам Морозова, поэтому противники Морозова высказали подозрение, что он «помог» первой кандидатке упасть в обморок. Это предположение вовсе не лишено смысла, потому что всего через десять дней после свадьбы царя (16 января 1648 г.) Морозов, которому было уже больше 50 лет, женился на младшей сестре Марии Анне. Многие посчитали неприличным, что Морозов укрепил свое положение и увеличил свое богатство таким образом. По примеру прежних «временщиков» он держал в своих руках пять важнейших и доходнейших приказов, а в конце жизни был владельцем 9100 дворов с 55 000 крестьян в 19 уездах, а также многочисленных мануфактур, мельниц и винокурен.
Сразу после вступления Алексея на престол Морозову были поручены проверка и реформа управления, о которых распорядился еще Михаил Федорович. Для устранения недостатков он уменьшил жалованья, сократил дворцовую челядь и уволил ответственных руководителей («судей») приказов. Правда, его собственные ставленники были так же продажны, и не все мероприятия Морозова по оздоровлению городов были хорошо обдуманы: новый железный эталон, который должен был обеспечить честную торговлю, стоил купцам больших денег, а за отменой прямых налогов, а именно ямских и стрелецких денег (см. главу «Михаил Федорович»), в феврале 1646 г последовало мотивированное татарской угрозой введение акциза, удорожившего соль только в этом году в четыре раза и сделавшего ее таким образом недоступной, так что в конце 1647 г. акциз пришлось отменить. Беспокойство, усиленное такими экспериментами, достигло высшей точки весной 1648 г., когда Морозов взамен налога на соль наряду с взиманием недоимок за последние десять лет потребовал немедленной уплаты прямых налогов за 1646 и 1647 гг., так что в 1648 г. налоги подлежали уплате в трехкратном размере. Нужна была только искра, чтобы разгорелся большой пожар, «соляной бунт».
Очевидно, Морозов думал, что сможет обращаться с посадскими и тяглыми людьми как угодно, если исполнит настоятельное желание дворянства о продлении или полной отмене «урочных лет», то есть срока розыска и возврата беглых крестьян. На коллективную челобитную служилых людей, поданную, вероятно, по случаю коронации, Алексей Михайлович еще 19 октября 1645 г. ответил, что продление не требуется, поскольку количество урочных лет (при его предшественнике) уже было удвоено. В инструкции для счетчиков, занимавшихся переписью населения, и землемеров от февраля 1646 г. в связи с введением подворного налога, напротив, содержалось совсем неожиданное заявление о намерении по окончании переписи полностью прикрепить крестьян к земле, то есть отменить урочные годы. Законодательная реализация этой политики, введение так называемого «крепостного права», является наиболее известным положением изданного три года спустя нового свода законов Уложения. Однако к этому пришли только после большого московского мятежа 1648 г.
Это восстание было первым в ряду городских мятежей середины века, которое в противоположность бесчисленным крестьянским мятежам, направленным только против несправедливого социального порядка и «богачей», носило выраженный политический характер. Хотя корни городских беспорядков крылись в социальной неудовлетворенности, но из-за безуспешности других протестов (коллективных челобитных) были направлены непосредственно на правительство, стали опасно близки к угрозе самому царю, сопровождались определенной солидаризацией дворянства и посадского населения, а в 1648 г. даже привели к временному влиянию на правящую власть. Обострило напряженную ситуацию 1645–1648 гг. игнорирование правительством древнего права населения на подачу челобитных.