Двенадцать лет спустя снова начались волнения в Москве. Причины «медного бунта» крылись в конечном счете во второй Северной войне, начавшейся в 1654 г. (см. далее). Хотя война поначалу могла финансироваться десятипроцентным чрезвычайным налогом и займами у монастырей, но затем потребовала чеканки сперва монет с пониженным содержанием серебра, а затем — впервые — медных денег, так как после эпидемии чумы разразился экономический кризис. Однако население считало эти деньги неполноценными и копило серебряные монеты, в то время как богатые владельцы медной посуды давали взятки денежным мастерам, чтобы те переливали их кастрюли в монеты. В конце июня 1662 г. подчиненные денежные мастера были сурово наказаны за это. Ответственные за медное дело родственники царя, его тесть И. Д. Милославский и А. И. Матюшкин, также были наказаны, но не очень строго. Между тем денежная политика привела к инфляции: в 1658 г. за один серебряный рубль еще давали один медный, в конце 1661 г. — четыре. (Два года спустя курс составил 15:1!) Летом 1662 г. неприятности накопились: трехкратное повышение цен, взыскивание недоимок по налогам за предыдущие годы, сбор «пятой деньги» в качестве чрезвычайного налога, взимание «стрелецких денег», прямого налога в виде зерна на содержание полка, именно во время неурожая, и принудительное реквизирование важнейших экспортных товаров, на которые была объявлена государственная монополия.
Мятеж ограничился Москвой не только потому, что город был резиденцией правительства, но, прежде всего, потому, что в нем имелся значительный нижний слой, который не мог обеспечить себя. Эти люди собирались толпами и расклеивали агитационные листки. Чтобы поговорить с самим царем, несколько сотен восставших 26 июля направились в летнюю резиденцию царя Коломенское, где Алексей Михайлович праздновал именины своей сестры Анны. Толпа потребовала, чтобы он лично выслушал челобитья. Царю пришлось клятвенно пообещать разобраться в нарушениях и при этом даже ударить по рукам с одним из предводителей, что было неслыханно. Успокоенная толпа вернулась в Москву, но по пути встретила других бунтовщиков, которые грабили дома купцов. Вместе они снова пошли в Коломенское, где угрожали устроить самосуд над «предателями». Между тем царь проявил предусмотрительность и приказал действовать своей лейб-гвардии; 900 бунтовщиков, спасавшихся бегством, были убиты или затоптаны. Уже на следующий день были приведены в исполнение 50 смертных приговоров, еще 13 — по окончании расследования. Многие сотни участников, всего, вероятно, более 9000, были сосланы. Среди них, вопреки официальным сообщениям правительства, было много солдат и даже несколько представителей среднего служилого дворянства, но больше всего стрельцов, социальное положение которых ухудшилось из-за выдачи жалованья медными деньгами. После победы Алексей Михайлович мог дать себе передышку: только через год выпуск медных денег был прекращен, снова начали выплачивать жалованье серебром и совершать коммерческие сделки на этой основе.
Этими гремя посадскими восстаниями 1648, 1650 и 1662 гг. «бунташное столетие» еще далеко не закончилось. Алексею Михайловичу пришлось пережить еще два больших мятежа: восстание иноков-староверов в Соловецком монастыре (см. далее) и самое большое крестьянское восстание 17 в. под руководством Степана (Стеньки) Разина.
Это восстание началось в среде донских казаков, которые жили по автономному войсковому закону (войсковой сход, выборы атамана и старшин) южнее многократно сдвигавшейся к югу границы Московского государства, называемой засечной чертой. С 1614 г. они, как и казаки, жившие по другим рекам (Яик, Терек, Волга), постоянно привлекались к службе в московской армии как «служилые казаки», и примерно 1000 зажиточных казаков получали жалованье. Им противостояли несколько тысяч (данные колеблются от 10 000 до 20 000 человек) бедных казаков («голытьбы»), положение которых постоянно ухудшалось, поскольку к ним бежали с севера не только крестьяне и холопы, но и представители низшего слоя посадского населения. «Беглые» укрывались здесь еще до 1649 г. и теперь им не угрожало полное прикрепление к земле. Московское правительство, хотя и снаряжало поисковые экспедиции, не было недовольно укреплением южной линии обороны от татар, так что в обычай вошла поговорка «С Дона выдачи нет». Правда, казаки часто нарушали мир, поскольку постоянно предпринимали разбойничьи набеги с целью захвата добычи. Если находились вожаки, то эти набеги могли превращаться в настоящие походы на Черное и Каспийское моря, например, в Крым (1646 г.) или даже на Истанбул (1650 г.) и в Персию (1649–1650 гг.).