Война, шедшая с 1654 по 1667 г., усилила бегство в «Дикое поле». Крестьяне бежали из армии или, в отсутствие своих хозяев, из имений. Как и до 1649 г., правительство снова ввело урочные годы для розыска беглых и вернуло десятки тысяч человек. Это усилило беспокойство на Дону, тем более что и после войны туда приходило много оторванных от дома беглецов, усугублявших массовый голод, разразившийся уже в 1666 г. Весной 1667 г. Степан Разин, бывший скорее зажиточным казаком, призвал к набегу, приведшему его и поначалу примерно 2000 казаков на Нижнюю Волгу, а в 1668–1669 гг. — на побережье Персии. Осенью 1669 г. он вернулся на Дон с богатой добычей. Стрельцы, посланные против него из Москвы, оказались ненадежными, а астраханского воеводу Разин подкупил, и таким образом был снова пропущен на Волгу.
Эта первая часть восстания под руководством Разина не отличалась от обычных походов за добычей. Она, прежде всего, прославила вождя, стала репетицией последующих событий и послужила укреплению материальной базы казаков. Правда, после этого они выступили против помещиков и власти. С весны 1670 г. Разин пытался вместе с 20 000 соратников прорваться к Москве. Сначала была занята Астрахань, где Разин ввел казачье правление и велел справедливо распределить имущество богачей. Одним из главных недостатков предприятия было отсутствие политической программы. На самодержавие не посягали, хотя Разин вел с собой пленного кавказского князя, выдавая его за наследника престола, якобы бежавшего из Москвы. Он также утверждал, что при нем находится патриарх Никон, в то время официально живший в ссылке. В сентябре, когда восстание достигло высшей точки, под Симбирском к нему присоединились крестьяне и инородцы, а также некоторое количество посадских из низших слоев и служилых людей со Средней Волги. В так называемых «прелестных грамотах» Разин призывал к убийству аристократов и чиновников. Однако штурм Симбирска ему не удался, так как против него выступил Ю. А. Долгорукий с правительственными войсками и лояльными стрельцами. Разин, который все еще напрасно пытался привлечь на свою сторону гетмана польско-украинских казаков, весной 1671 г. был выдан Долгорукому казачьей верхушкой. После того, как царь лично допросил Разина, его казнили в Москве 6 июня 1671 г. На его совести тысячи убитых людей и сожженных деревень. Но легенда сделала его героем известной народной песни.
Известные под именем запорожцев казаки с Днепра, определяли основную часть внешней политики Алексея Михайловича. Их действия позволили 1648 году, знаменательному году в западноевропейской истории, стать решающим годом и для Востока, тем более что в это время произошел и большой московский мятеж со всеми его внутриполитическими последствиями для России.
В 1648 г. после десятилетнего мира запорожские казаки под руководством гетмана Богдана Хмельницкого снова поднялись против своих польско-литовских повелителей. Причины этих восстаний, происходивших уже с 20-х годов, были весьма разнообразны, в частности притеснение украинских крестьян польскими магнатами и их еврейскими управляющими, дискриминация православной церкви римским католицизмом и сокращение казачьего реестра, то есть набор казаков в наемные войска короля. С появлением Хмельницкого, первоначально опиравшегося на крымских татар, движение получило вождя, который в течение следующих пяти лет, сменив нескольких союзников и выдержав многочисленные битвы, пришел к идее казачьей шляхетской республики. Правда, он мог добиться «той цели только в союзе с Московией, противостоявшей Польско-Литовскому государству в военно-политическом отношении.
Алексей Михайлович, к которому Хмельницкий обращался через разных высокопоставленных лиц и в многочисленных письмах, внешне относился к планам казаков сдержанно. Про себя московская политика приветствовала возможность свести счеты с Польшей (см. главу «Ми хайл Федорович»). Но поражение 1634 г. учило быть осторожными, пока нет уверенности в том, что военных сил достаточно. Нужно было также предвидеть, что московская сделка вскоре вызовет первые столкновения с Османской империей. Но, очевидно, царя заставляла медлить прежде всего неспокойная внутренняя ситуация в период с 1648 по 1650 г., усугублявшаяся появлением уже упомянутого самозванца Акундинова. Сначала было разрешено и получило финансовую поддержку только поселение изгнанных украинских крестьян в «Украинской слободе» (на Дону). Только в начале 1651 г. в Москве собрался Земский собор, который в меньшей степени занимался предложением казаков о союзе, а в большей степени — неправомерным использованием царского титула, практиковавшегося Польшей. Таким образом, Земский собор не имел права принимать решения, а использовался правительством как внешнеполитический инструмент.