Главной проблемой российско-западных отношений в 1993 году стало расширение НАТО на восток. Летом того года Борис Ельцин сказал президенту Польши Леху Валенсе, что вступление его государства в НАТО — дело самих поляков. Это заявление вызвало немедленную негативную реакцию Генерального штаба РФ и большей части политического истеблишмента. Нуждавшийся в поддержке военных в противостоянии с Верховным Советом РФ Ельцин в натовском вопросе отступил. Уже после разрешения кризиса власти в Москве, 25 ноября 1993 года, Служба внешней разведки (СВР) РФ, которую тогда возглавлял Евгений Примаков, опубликовала доклад «Перспективы расширения НАТО и интересы России». В нем было признано, что Россия не имеет права и возможностей диктовать странам Центральной и Восточной Европы линию их поведения. Но российская разведка настаивала на том, что вхождение этих стран в НАТО должно проходить с учетом мнения РФ. Авторы доклада ставили перспективы взаимодействия и партнерства России с НАТО в зависимость от учета Западом ее озабоченностей. Иначе предполагались негативные политические и военные последствия.
Позиция силовиков была сформулирована четко, но нереалистично: Москва должна обладать правом вето на вступление своих бывших сателлитов в этот западный альянс. Позиция российского МИД была нечеткой и нереалистичной: вступление стран Центральной и Восточной Европы в НАТО без России контрпродуктивно, потому что не соответствует ее интересам, понижает ее статус, означает вотум недоверия российской демократии и таит в себе возможность возврата к противостоянию.
По инициативе США НАТО совместно со своими союзниками разработало программу «Партнерство во имя мира». Когда страны Центральной и Восточной Европы увидели, что она не альтернатива членству в НАТО, а путь к вступлению в альянс, то приветствовали ее. Этот факт стал определяющим негативную позицию российских силовых структур. По их мнению, эта программа имела такие же недостатки, как и ССАС: России предлагалось сотрудничество на общих основаниях. Партнерство заключалось в постепенном приведении всей военной сферы — от гражданско-военных отношений и планирования до образования и обучения — к стандартам НАТО. Странам-кандидатам были предложены «дорожные карты» вступления в альянс, их министерства обороны включились в конкретную практическую работу. Для не стремившейся в НАТО РФ «Партнерство во имя мира» означало неприемлемое с точки зрения генералитета вмешательство оппонентов в основы обеспечения российской национальной безопасности. В результате формально верх взял Андрей Козырев: в апреле 1994 года Россия подписала документ о присоединении к этому партнерству, но согласована его индивидуальная программа была лишь в июне 1995 года. Россия была одним из наименее активных членов этого сотрудничества.
Проблема расширения НАТО для руководства РФ заключалась в исчезновении стратегического защитного буфера между ней и Западом и окончательном переходе стран Центральной и Восточной Европы в зону его влияния. Существование политической нейтральной зоны оставляло возможность возвращения этих стран или некоторых из них в сферу влияния РФ по мере стабилизации ее внутреннего положения и укрепления ее международного влияния.
Начиная с 1994 года для борьбы с козыревским капитулянтством российские изоляционисты собирали национал-патриотические силы. Изоляционисты и многие прагматики пытались использовать разногласия на Западе для сохранения буферной зоны между НАТО и Россией, которая, по мнению этих людей, в своем движении приближалась не к Европе, а к допетровским позициям.
Россия стремилась к исключительности и статусности своих отношений с НАТО. Предсказуемая неудача идеи паритетного партнерства между Североатлантическим альянсом и СНГ во главе с РФ была особенно неприятной на фоне активизации партнерства Украины, Грузии, Азербайджана, Узбекистана с НАТО и вступления в него бывших членов ОВД. Последнее частично компенсировало подписание в мае 1997 года в Париже Основополагающего акта Россия — НАТО. Москва не признавала легитимности его расширения и продолжала стремиться к равновесным отношениям с этим альянсом. Ища способы и варианты уравновешивания расширения НАТО, российские политики, прежде всего Евгений Максимович Примаков, предлагали реинтегрировать постсоветское пространство в рамках СНГ. Этот план был нереалистичен. В 1996–1997 годах российско-белорусское сообщество оформилось в межгосударственный союз, ставший барьером на пути дальнейшего продвижения НАТО на восток и первым шагом на пути к более широкому объединению ряда государств вокруг РФ.