В 1997 году для консультаций и практического сотрудничества между РФ и Североатлантическим альянсом был создан Совместный постоянный совет (СПС) Россия — НАТО. По этому поводу Генри Киссинджер публично высказывал опасения, что СПС может подменить собой Совет НАТО, потому что, не являясь членом этого альянса, свободная от каких-либо обязательств в этой связи Россия получала возможность участвовать в работе НАТО с правом решающего и блокирующего голосов.
В июне 1999 года по решению Генерального штаба, с санкции президента Бориса Ельцина, но без ведома Правительства РФ и ее министра обороны 200 российских десантников из состава миротворческой бригады в Югославии, чтобы помешать силам НАТО занять местный аэродром Слатина и увеличить на этом плацдарме группировку России, совершили внезапный марш из Боснии в Приштину.
Отказ Румынии и Болгарии пропустить следовавшие в столицу Косово российские самолеты разрушил замысел операции, оставшейся в истории отчаянными усилиями сохранить лицо в безнадежно проигранной партии. В 2003 году для оптимизации своего военного присутствия за рубежом российские миротворцы были выведены из Боснии и Косово.
Но в последний раз «ельцинские гарантии» сработали. Перманетный российско-американский диалог позволил урегулировать конфликт на условиях НАТО (миссия Черномырдина — Ахтисаари с участием Тэлботта), а саммит G8 в Кельне формально примирил Россию и ведущие стран НАТО. РФ (Борис Ельцин, Виктор Черномырдин) считала, что спасла мир от войны, а США и лично Клинтона — от наземного вторжения. Соединенные Штаты считали, что для России поддержка НАТО была единственным разумным выбором. К осени 2000 года, после свержения Президента Сербии Слободана Милошевича, миссия НАТО на Балканах была завершена. К этому времени Москва фактически утратила интерес к Югославии и к Балканам.
В 2002 году СПС был заменен Советом Россия — НАТО. Данная замена стала качественным шагом вперед в развитии российско-западных отношений. Этому способствовал ряд факторов: выход на первый план в повестке дня международной безопасности тематики борьбы с терроризмом; геостратегическое сосредоточение на регионе Большого Ближнего Востока; уменьшение значения «российского фактора» в деятельности НАТО; упрощение восприятия этого военно-политического блока в общественном мнении России и ее элитой и другие. Проблемы членства России в НАТО и защиты ее территории от него утратили актуальность, создав условия для прагматического сотрудничества там, где у сторон имеются общие интересы. Главной позитивной новацией стала институциональная замена формата «18 против одного» форматом «круглого стола», в котором обеспечивались формальное равенство участников и свободный обмен мнениями между ними.
Партнерство РФ и НАТО стало стабилизирующим фактором российско-западных отношений. Главный политический смысл этого партнерства заключается в поэтапной демилитаризации отношений между Россией и странами Запада, прежде всего европейскими. Война между Россией и Германией сейчас столь же непредставима, как и между Германией и Францией. Сотрудничество России и Североатлантического альянса в практических секторах миротворчества, ПРО, чрезвычайных ситуаций и т. п. стимулирует процесс модернизации Российских Вооруженных сил. Взаимодействие за пределами Европы создает дополнительные условия для успеха миссий НАТО. Это укрепляет безопасность России, ее соседей и союзников в Центральной Азии. В отношении НАТО в России сохраняется характерное двоемыслие. Это альянс рассматривается сегодня как партнер, послезавтра, возможно, противник.
Периодически российское руководство заявляет о том, что членство стран СНГ в НАТО не является для России предметом беспокойства благодаря ее сотрудничеству с ним или что военное присутствие Запада в Центральной Азии не является трагедией. Расширение НАТО ущемляет российские геополитические интересы, но делает эту организацию менее эффективным военным блоком. Вступление Украины в НАТО означало бы окончание геополитического отступления России в Европе.
В начале XXI века РФ строит свою безопасность одновременно и вместе с Западом, и против него. Даже после терактов в Нью-Йорке 11 сентября 2001 года и войны в Ираке Североатлантический альянс воспринимается в Москве преимущественно как организация, политику которой определяют прежде всего США.
Своеобразная заявка на членство в НАТО стала одним из первых внешнеполитических ходов постсоветской России. Это действие было естественным потому, что в годы холодной войны в Москве сложилось представление о НАТО как о главном западном клубе. РФ рассчитывала получить в этом военно-политическом блоке высокий статус. Предпосылками для этого виделись: уравновешенные потенциалы ядерного оружия у РФ и США, многочисленные обычные вооруженные силы, геостратегическое положение с выходом к Атлантическому и Тихому океанам и позициями, непосредственно примыкающими к Ближнему и Среднему Востоку.