Англичане решили уничтожить противника с помощью брандеров. Пришлось ждать, когда к эскадре прибудут брандеры. 3 апреля к Гамбье присоединился капитан Т. Кокрейн, приказом первого лорда адмиралтейства он должен был провести операцию по уничтожению французской эскадры. К 11 апреля силы сторон были следующими: французы – 11 линейных кораблей, 4 фрегата, бриг, канонерские лодки; англичане – 11 линейных кораблей, 7 фрегатов, 6 бригов, 5 шлюпов, 2 бомбардирских корабля, 3 судна, вооруженных ракетами, 40 транспортов и брандеров.
11 апреля в сумерках Т. Кокрейн во главе двух «взрывных» кораблей, переделанных из транспортов, вошел на рейд Иль-д’Экс, пользуясь приливом и попутным крепким ветром. За ним шли 25 брандеров. Однако задуманная для развития успеха атака брандеров выполняется совершенно неорганизованно. Часть брандеров зажгли фитили слишком рано, часть просто не нашла свои цели, только четыре достигли противника, но и они не нанесли прямого урона.
Тем не менее, спасаясь от брандеров, французы обрубили якорные канаты, и их суда понесло к берегу. При отливе на мель сели 13 судов, только два корабля остались на глубокой воде. С наступлением прилива некоторым кораблям удалось сняться с мели.
Боевые действия, с перерывами, продолжались до 23 апреля. Наполеон снял с должности и отдал под суд всех участвовавших в бою капитанов, а одного приказал расстрелять.
После целого ряда поражений Наполеон воздерживался от серьезных морских операций. Но, понимая, что без морской силы ему не справиться с Англией, и не имея таковой теперь, он решил во что бы то ни стало создать ее. Поэтому во всех портах Франции шла усиленная постройка кораблей. Флиссинген и Антверпен, и в особенности последний, Наполеон предполагал превратить в базы для своего флота.
Англичане решили высадить десант в устье реки Шельда. Задача экспедиции – взятие Антверпена, истребление военных судов и верфей и закрытие реки Шельды для судоходства (Антверпен становился серьезным конкурентом Лондона).
28 июля 1809 г. из Доунса вышли 37 линейных кораблей, 28 фрегатов и шлюпов, пять бомбардирских корабля, 54 мелких, 120 канонерских лодок, 400 транспортов. Флотом командовал контр-адмирал Р. Стрэхем. На судах находилось 39 000 войск под командованием генерал-лейтенанта лорда Чатама. Р. Стрехем и Чатам не подчинялись друг другу и были вполне самостоятельными начальниками.
29 июля весь флот сосредоточился у северо-западной оконечности острова Вальчерна, транспорты подошли к берегу, на следующий день войска были высажены на берег.
Английские войска действовали нерешительно. Крепость Флиссинген капитулировала 16 августа, но к этому времени французы успели сосредоточить в Антверпене до 40 тысяч войск и привели в готовность к обороне главные форты на верхней Шельде. Кроме того, в английских войсках вспыхнула лихорадка. Англичане начали медленное отступление. В середине сентября главные силы экспедиции отплыли в Англию, а 24 декабря остатки экспедиции, окруженные французами, уничтожили портовые сооружения Флиссингена и, сев на суда, покинули устье Шельды. Ни одна из задач экспедиции не была достигнута.
В Средиземном море в 1809 г. продолжалось противостояние эскадр вице-адмиралов О. Гантома и К. Коллингвуда. 26 апреля, когда английская блокирующая эскадра оставила свой пост у Тулона, пять французских линейных кораблей, два фрегата, корвет и 16 мелких судов под командованием контр-адмирала Бодена вышли из порта с войсками и провизией, необходимыми для защиты и снабжения Барселоны. Благополучно достигнув места назначения и выгрузив войска и провиант, эскадра вернулась в Тулон.
21 октября контр-адмирал Боден с тремя кораблями, двумя фрегатами и множеством транспортов вышел из Тулона и направился в Барселону. В погоню были отряжены шесть кораблей под командованием контр-адмирала Мартэна. Французские корабли и фрегаты отделились от конвоя, по существу бросив его, и транспорты пошли в беспорядке. Пять судов были уничтожены английскими фрегатами, остальные скрылись. Погоня за французскими кораблями продолжалась, и 25 октября в 7 утра англичане увидели противника, шедшего вдоль берега, и атаковали его. В 11.45 два французских корабля выбросились на берег и были сожжены.
В октябре англичане заняли острова Занте, Кефалонию, Цериго, Итака – все Ионические острова были освобождены от французов.
В этом году Франция продолжала терять свои колонии. 24 февраля была взята Мартиника. В этом же году еще в январе испанцы и португальцы овладели французской Гвианой, а 7 июля наконец пал и Сан-Доминго на острове Гаити. В июле же англичане овладели Сенегалом.
В соответствии с Фридрихсгамским мирным договором 6 января 1810 г. Швеция заключила мир с Францией и по ее требованию 19 ноября объявила войну Англии. Во время этой «войны» никаких боевых действий не велось. Мирный договор между Швецией и Англией был подписан в Эребру в 1812 г.
Брест и остальные порты Бискайского залива также были блокированы англичанами.
В Средиземном море англичане овладели островом Св. Мавра (Левкада).