Эскадра 3 сентября вернулась в Кронштадт, на корабли погрузили снятые перед уходом в Свеаборг пушки. Корабль «Гавриил» был исключен из состава флота и сдан в порт по ветхости, а «Архистратиг Михаил» из-за старости обращен в транспорт. Вместо них в состав эскадры вошли «Чесма», «Мироносец» и только что построенный «Юпитер» (капитан 1 го ранга П.А. Бойль).
Затем часть эскадры была использована для перевозки в Свеаборг воспитанников различных учебных заведений, спешно переводимых, по постановлению Комитета министров, сильно опасавшегося за судьбу столицы, из Петербурга в более безопасные места. В октябре на кораблях «Борей» и «Северная звезда» из Кронштадта в Свеаборг были перевезены кадеты Морского корпуса. Фрегат «Полукс» (капитан-лейтенант И.Н. Бутаков), шлюп «Кола» (лейтенант Е.И. Вестингаузен) и шхуна «Стрела» (капитан-лейтенант Ф.И. фон Платер) доставили из Кронштадта в Свеаборг учеников и преподавателей Штурманского училища. В Роченсальм были переведены учебные суда Морского корпуса, а в Выборг – императорские яхты.
В октябре бриг «Коммерстракс», катер «Жемчуг» и тендер «Навигатор» конвоировали транспортные суда, на которых перевозился российско-германский легион (1600 человек) из Ревеля в порты Финляндии.
Архангельская эскадра в составе восьми кораблей: «Норд-Адлер» (капитан 1 го ранга Д. Гамельтон, флаг вице-адмирала Р.В. Кроуна), «Не-тронь-меня» (капитан 1 го ранга Ф.К. Митьков), «Победоносец» (капитан 2 го ранга Ф.А. Дзивович), «Принц Густав» (капитан-командор С.Г. Скотт), «Святослав» (капитан 1 го ранга И.Г. Степанов), «Саратов» (капитан 2 го ранга Ф.И. Языков), «Всеволод» (капитан 2 го ранга П.Н. Нордштейн), «Три Иерарха» (капитан 1 го ранга В.И. Терновский) была подготовлена к переходу на Балтику. 11 августа она вышла в море. Экипажи кораблей были укомплектованы в основном рекрутами, еще ни разу не бывавшими в море. В океане на широте Шетландских островов суда были застигнуты свирепым четырехдневным штормом. Большинство кораблей получили повреждения рангоута и рулей, сильную течь, особенно сильно пострадал флагманский «Норд-Адлер», который потерял грот– и фор-стеньги. 18 сентября 7 кораблей зашли в Готенбург. Только благодаря отличному знанию морского дела и редкой энергии вице-адмирала Р.В. Кроуна, опытности и распорядительности командиров и офицеров корабли сравнительно благополучно дошли до Готенбурга, где полторы недели занимались исправлением повреждений. От дурной пищи, недостатка одежды и особенно обуви около 200 человек из их экипажей заболели цингой. Корабль «Всеволод» в океане разлучился с эскадрой и, получив сильные повреждения, зашел в Фридрихсверн, где остался на зимовку (летом 1813 г. он перешел в Кронштадт). На нем особенно сильно свирепствовала цинга (225 больных и 90 умерших).
Исправив повреждения, эскадра 27 сентября покинула Готенбург, пройдя через Большой Бельт, вошла в Балтийское море и 9 октября прибыла в Свеаборг. Посланный Р.В. Кроуну указ о следовании прямо в Англию (не заходя в Балтийское море) до него вовремя не дошел, поэтому он получил предписание идти из Свеаборга обратно в Готенбург на соединение с Е.Е. Тетом.
В то время когда корабли Р.В. Кроуна проходили Датские проливы, Балтийскому корабельному флоту была поставлена новая задача. 28 сентября был подписан Высочайший указ на имя адмирала Е.Е. Тета об отправлении вверенной ему эскадры двумя отрядами к берегам Англии для действий с английским флотом против Франции. В Готенбурге к ней должны были присоединиться корабли, шедшие из Архангельска, а в Англии – способные выйти в море суда, переданные Д.Н. Сенявиным «на хранение» английскому правительству. В связи с тем, что Дания находилась в союзе с Францией, русские эскадры должны были следовать в Северное море не обычным путем через Зунд, а через Большой Бельт.
Александр I вынужден был пойти на эту меру (отправление русских эскадр в Англию), чтобы убедить Георга III в своем намерении продолжать войну до конца, до полного разгрома армии Наполеона.
Об этом говорилось в инструкции, данной императором послу в Англии Х.А. Ливену перед отбытием его в Лондон: «Для Вашего отъезда я выбрал момент, когда французская армия находится в Москве, чтобы этим еще лучше подчеркнуть мою непоколебимую решимость продолжать войну, несмотря на это серьезное событие. Вам известны мои решения и даже планы в отношении Петербурга, если враг распространит свои действия до тех мест. Эти решения остаются постоянно неизменными, и именно в то время, когда Наполеон находится в моем кабинете в Кремле, я посылаю Вас в Лондон, чтобы выразить твердую уверенность, что я не заключу мира до тех пор, пока враг не будет изгнан из пределов нашей страны, даже и в том случае, если для этого мне придется уехать за Казань. Все необходимое для этого подготовлено. Это заверение, которое Вы от моего имени сделаете в Англии, должно быть для нее самым верным залогом неизменности моих решений. Для того чтобы дать ей еще одно доказательство этого, вслед за вами я пошлю все мои морские силы, способные крейсировать в море».