Приход к власти Петра I привел не только к активизации боевых действий, но и окончательному смещению их основного фокуса с Крыма на турецкие крепости в Северном Причерноморье. После провалов крымских походов новая стратегия была очевидной. На правильность именно такого подхода к ведению войны еще в конце 1686 — начале 1687 г. справедливо указывал русскому правительству его союзник польский король Ян Собеский. Успехи не заставили себя ждать. Российские войска продвигались вдоль Дона и Днепра, захватывая османские крепости и строя новые укрепления.
В 1695 г. опытный военачальник и хороший организатор Б. П. Шереметев совместно с украинским гетманом И. С. Мазепой захватили Казы-Кермен и остальные турецкие крепости, плотно блокировавшие выход в Черное море по Днепру как минимум с 1679 г. Вместе с тем в том же году тактические и военно-организационные ошибки помешали Петру I взять Азов.
В 1696 г. Петр смог обеспечить своей армии под Азовом подавляющее преимущество, что привело к капитуляции гарнизона. Огромные усилия и средства были затрачены на строительство морского флота. В литературе новому флоту традиционно отводится важная роль во взятии Азова. Стоит, однако, подчеркнуть, что в сражениях он не участвовал, а пришедшие под Азов турецкие корабли разгромили донские казаки. Подошедшие было к устью Дона корабли петровского «морского каравана» отступили к Сергиеву, не решившись атаковать турецкий флот. Вопрос о том, стало ли наличие «морского каравана» решающим фактором для блокады города, требует дальнейшего изучения. Возможно, что роль флота в осаде Азова преувеличивалась царем и его окружением по идеологическим мотивам, поскольку флот являлся личным детищем Петра.
Принципиальным новшеством в стратегии Петра стало намерение, возникшее не ранее середины 1695 г., перенести боевые действия в акваторию Черного моря, создав для внутренних районов Османской империи угрозу, несопоставимую по своему масштабу с морскими походами казаков. Суда новых типов появились не только в Азовском море, но и на Днепре. Царь планировал организовать поход «морского каравана» к Очакову. Это могло бы стать следующим, четвертым этапом войны. Однако, как показало дальнейшее развитие событий, расчеты царя не оправдались. Усилия и ресурсы, потребовавшиеся для создания морского флота, затормозили ход наземных операций.
Сезоны боевых действий 1697 и 1698 гг. не принесли ожидаемых российскими властями успехов. Этому способствовало несколько факторов. Во-первых, османские власти, потеряв в 1696 г. Азов, позволили Крымскому ханству сосредоточить основные силы против России. Во-вторых, впервые с начала войны в Северное Причерноморье были переброшены значительные турецкие воинские контингенты с других театров военных действий. В-третьих, отъезд Петра в Великое посольство самым негативным образом сказался на организации военных кампаний. В его отсутствие полководцы стремились не добиться успеха, а минимизировать собственные усилия и избежать трудностей. Кроме того, большим просчетом царя стала замена Б. П. Шереметева, стоявшего во главе Белгородского полка, на Я. Ф. Долгорукова, показавшего себя посредственным полководцем. В результате лишь благодаря героизму русских солдат и стрельцов, а также украинских казаков удалось избежать захвата днепровских крепостей противником. Управленческие ошибки привели к восстанию стрельцов, что самым негативным образом сказалось на ходе подготовки кампании 1698 г. Потери от этих просчетов можно было бы компенсировать позднее, но к тому времени, когда царь вернулся в Москву, а российский флот стал значимой военной силой, европейские союзники России склонились к заключению мира.
В историографии часто ставился, но до сих пор полностью не решен вопрос о том, насколько вообще участие России в войне на стороне Священной лиги было заметным именно в военном плане. Как было отмечено во введении, советская историография его всячески преувеличивала, тогда как после 1991 г. получил распространение тезис, что, например, Крымские походы антиосманской коалиции практически никак не помогли. Если конкретизировать, то суть дискуссии заключается в том, насколько России удалось снизить активность Крымского ханства на других театрах военных действий, парализовав «правую руку» османского султана. Чтобы дать более-менее определенный ответ на данный вопрос, необходимо выйти за рамки исследованной в книге проблематики и изученных источников, сопоставив военную активность России с активностью Крымского ханства на балканском и польском театрах военных действий. Подобная работа, подразумевающая кропотливый сбор и анализ информации о всех известных действиях татар против войск Речи Посполитой, а также Габсбургов и их союзников на Балканах, не входила в число поставленных авторами данной книги исследовательских задач. Однако некоторые предварительные наблюдения на эту тему можно сделать, основываясь на российском материале.