Было бы ошибкой полагать, что Главный командор был только гражданским администратором. Вероятно, в ордене он был братом-рыцарем. Его обязанностью было замещать магистра, как только в этом появлялась необходимость. В подобном случае он также становился главнокомандующим. Генеральный капитул 1270 г. постановил, что, когда магистр и Конвент покидают на время пределы Иерусалимского королевства, командор должен находиться в Акре и он может назначать командира для братьев, находившихся с ним. Подобно тому, как это было устроено в ордене тамплиеров, он был начальником мастерской, в которой изготавливались и ремонтировались арбалеты. В XIV в. он отвечал перед адмиралом за снаряжение судов ордена. Главный командор, подобный Гуго де Ревелю, мог играть важную роль в управлении оденом. Были и другие выдающиеся братья, трудившиеся на этом поприще, среди которых выделяются Гийом де Тиньер и Раймонд де Рибель. Гийом был командором Триполи в 1216 г. и ранее сентября 1231 г. был назначен Главным командором. В 1230 г. он вел переговоры, на которых обсуждались условия капитуляции имперских войск, осажденных в замке Дьёд’Амур войсками сеньоров Иерусалима и Кипра. Он был близким другом Жана Ибелина, сеньора Бейрута и вождя восставших сеньоров. В 1232 г. его назначили приором Франции. Раймонд де Рибель был одним из тех братьев, которые блистали в ордене на рубеже XIIIXIV столетий. Он был испанцем, близким другом королей Арагона, и в 1288 г. открыто поддержал арагонского монарха, когда французы и папа организовали против него крестовый поход. В 1276 г. он уже был кастеляном Ампосты и пробыл на этом посту до 1300 г., одновременно занимая с 1295 по 1300 г. должность Главного командора Испании. В 1299 г. он вполне мог принять предложение Гийома де Вилларе управлять орденом из Европы. Вероятно, он последовал за магистром на Кипр и уже в 1301 г. пребывал в Лимасоле. К февралю 1303 г. он уже был Главным командором. Во время своего правления он стал известен своими тяжбами, успеха в которых не имел. Вероятно, он ушел в отставку на Генеральном капитуле в ноябре того же года.
Ведомство Главного командора разделялось на несколько департаментов. Но неясно, как распределялись между ними обязанности. Так, командор отвечал за запасы продовольствия в ордене, но снабжал им Конвент казначей. Он стоял во главе арбалетной мастерской или военного департамента; но арбалеты хранились в казначействе. Вполне возможно, что структура ордена казалась госпитальерам столь же запутанной, что и нам. Все это вело к коррупции. Вероятно, Генеральный капитул 1301 г. сделал попытку покончить с ней, потребовав предоставления ежемесячных отчетов ото всех братьев, кто был связан с администрацией.
Нам известны должности братьев, работавших под началом Главного командора.
Однако в ведении этих братьев, непосредственно подчинявшихся Главному командору, находились не только склады. Так, к 1176 г. относится первое упоминание о зернохранилище; в 1300 г. Конвент на Кипре имел большие винные подвалы. Существовали другие должности в подчинении командора: