Коменда была основной административной единицей ордена, которая была учреждена после того, как госпитальерами были приобретены значительные по площади территории, достаточные для организации местных администраций. Их размеры были различны; в некоторых отдаленных областях Европы границы коменд могли совпадать с границами диоцезов. В качестве экономической единицы, которая платила ежегодный и другие налоги, комендой управлял бейлиф. Коменда представляла собой не только поместье, она выполняла также административную функцию. Здесь жил чиновник от администрации, и братья имели те же обязанности, что и госпитальеры, служившие в Конвентах приорств и в Конвенте магистра. Командор, представитель центральной администрации, проводил еженедельные капитулы. В 1288 г. папа, видимо, установил среднее число братьев, которые проживали в больших домах, в пределах 20 человек. Но согласно нашим исследованиям во всем командорстве едва набиралось такое количество братьев; случалось, что иногда их было не больше трех человек. Постоянно проживать в коменде могли и рыцари, но в основном это были служащие сержанты. Однако все они были конвентуальными братьями, и в этом состояло основное отличие между их домом и домом Центрального конвента. Они занимали различные посты; некоторые из них были созданы исходя из местных условий. В небольших орденских домах имелись церковные приоры, госпитальеры, инфирмарианы и сборщики милостыни.
Командор обычно назначался своим приором. В XIV в. им становился брат-воин или рыцарь; но нередко эту должность занимали священники и сержанты. Генеральный капитул 1304 г. издал указ, согласно которому брат мог стать командором, только отслужив в ордене три года; кастеляном замка – пять лет. Командор находился в юрисдикции приора и платил ему ежегодный налог (
В XIII в. произошло несколько изменений в системе административного управления ордена в европейских провинциях. Братьям было дано разрешение владеть несколькими комендами; начал складываться новый тип коменд –
Первоначально ни один брат не мог владеть более чем одной комендой. В XIII в., однако, это правило часто нарушалось. Генеральный капитул 1270 г. дал разрешение на два владения, если это могло принести дополнительный доход.
Пожалованные коменды передавали братьям в вечное владение или же предоставляли в пользование на определенное время. Окончательное решение принимали не только приоры, но и центральная администрация. Впервые о таких комендах упоминают в 1262 г. В 1278 г. дарение или отзыв его должны были утверждаться буллой конвента. Имеются свидетельства, что в 1280-х гг. магистр и конвентуальные бейлифы в индивидуальном порядке награждали комендами отдельных братьев. Генеральный капитул 1301 г. разрешил Главному командору Германии жаловать братьям коменды в вечное владение, если он полагал, что это была последняя возможность их возрождения. Нет никакого сомнения, что в Германии имелись на то свои причины, и в 1302 г. был усилен прямой контроль Центрального конвента над этой собственностью. Пожалованные коменды должны были передаваться только тем братьям, кто был достоин этого дара. Подобное дарение могло быть отозвано только решением, принятым в штаб-квартире ордена. Если брат обвинялся в каком-либо преступлении, то обычно его вызывали на Восток. Но он имел право отослать и письменное объяснение, и магистр вместе с Конвентом на капитуле решали, как поступить в данном случае. Пожалованные коменды были отчасти изъяты из юрисдикции приоров. Сохранилось большое число дарственных, относящихся к началу XIV в. Они показывают, что контроль приоров над братьями был ограничен, они не могли лишить брата пожалованной ему коменды, назначив ему наказание в виде