Именно европейские владения ордена имели обязанность выплачивать своей центральной администрации основной ежегодный налог, называемый
Командоры в каждом приорстве платили
Налоги выплачивались не всегда и не везде. Развитие новых форм организации коменд давало возможность избежать уплаты налогов; соблазн поступить так был достаточно велик, потому что отдельные коменды перешли в личную собственность братьев. Генеральный капитул 1262 г. напомнил всем бейлифам на заморских территориях, что они обязаны выплачивать ежегодный налог с домов, находившихся в их владении. В то же время появление других налогов ставило под угрозу выплату основного ежегодного налога. Генеральный капитул 1265 г. издал указ, согласно которому приоры в своих владениях в качестве сеньоров не могли требовать со своих вассалов уплаты им пошлины, пока не будет собран ежегодный налог. В 1296 г. конвентуальные бейлифы неоднократно жаловались на действия магистров ордена, обременявших их дополнительными поборами. Все это сказывалось и на выплате ежегодного налога.
Снижение его сборов могло быть вызвано также экономическим кризисом и феодальными усобицами на Западе. Насколько тяжелым было положение в 1268 г., показывает отчаянное письмо Гуго де Ревеля. Из Испании он получил в качестве налога только несколько лошадей. Госпитальеры в Италии приняли сторону Карла Анжуйского, однако их поместья были опустошены; в то время как ежегодный налог из Франции был использован ее приором для уплаты своих долгов. Налоговые поступления из Англии резко снизились вследствие бедствий гражданской войны, вспыхнувшей между Генрихом III и феодалами. Госпитальеры не могли в должной мере влиять на эти события, как и на самовластные действия европейских правителей. В 1291 г. папа потребовал предоставить в его распоряжение половину ежегодного налога и другие субсидии для покупки кораблей. В 1295 г. правительства Португалии и Англии конфисковали ежегодный налог, который поступил из приорств, которые находились под их контролем. В начале XIV в. проблемы с выплатой налогов в провинциях вызвали еще большее беспокойство в ордене. Генеральный капитул 1300 г. постановил, что ни один брат не должен использовать ежегодный налог в своих личных целях, не имея на то разрешения магистра. Генеральный капитул 1301 г. запретил бейлифам в Германии возводить новые здания, и подчеркнул необходимость прежде всего обеспечить полную выплату ежегодного налога, и напомнил братьям о том бедственном положении, в котором находился орден. Приорам и капитулярным командорам было приказано ежегодно отправлять возложенный на них налог на Кипр. В следующем году был принят указ о том, что те приоры, которые не в состоянии заплатить своих налогов, должны предоставить письменное свидетельство об этом, скрепленное печатью и подтвержденное семью братьями их капитулов, которые обязывались принести клятву в том, что они говорят только правду. В 1306 г. Фульк де Вилларе заявил, что повышение цен на товары и обострение междоусобных споров в Европе мешают выплате ежегодного налога.
Насколько важна была его выплата, говорят многочисленные попытки Генеральных капитулов предотвратить дальнейшее отчуждение земель. На протяжении XIII в. существовал запрет отдавать в залог или отчуждать земельные участки без разрешения капитула того или иного приорства и, по-видимому, без санкции Генерального капитула. Ни один брат не мог отказаться от своей собственности или продать ее без разрешения вышестоящего администратора; ни один дом не мог быть передан мирянину без разрешения центральной администрации ордена. Генеральный капитул 1278 г. постановил, что только согласно принятой конвентуальной булле должно даваться разрешение на подписание всех грамот о дарении и продаже, об обмене и укрупнении земельных участков. Генеральный капитул 1262 г. проявил обеспокоенность не только в отношении политики отчуждения земель, но и по поводу арендной платы. XIII в. был временем усиления процессов инфляции, и собираемая землевладельцами арендная плата попросту обесценилась. Предпринимались попытки вернуть отчужденные земли и дома, хотя раздавались обеспокоенные голоса, не нанесет ли это ущерб престижу ордена.