Папа Александр III не хотел, чтобы благотворительная деятельность ордена полностью уступила место военным обязательствам. Статуты 1182 г. касаются в основном вопросов ухода за больными и бедняками; их приняли, видимо, с целью успокоить папу. Они содержат ценное описание организации Госпиталя в XII в. В каждом лазарете командор должен был отдавать все силы на служение бедным. Госпиталь в Иерусалиме принимал как мужчин, так и женщин, для которых были приготовлены удобные кровати с одеялами и простынями. На двух больных приходилась одна овчина, пара сапог и шерстяная шляпа, чтобы не простужаться, когда они отправлялись в отхожее место. Сержанты кормили и мыли больных, выдавали простыни и убирали постели. Инвалидам должны были трижды в неделю давать мясные блюда. Это могли быть свинина, баранина или цыплята. Для новорожденных, которых произвели на свет женщины-пилигримы, делались небольшие колыбели. Госпитальные врачи-терапевты работали также аптекарями. Папская булла 1184–1185 гг. подтвердила их статус.
Госпитальеры позаботились о снабжении больных всем необходимым из своих имений. В 1176 г. магистр распорядился на капитуле, чтобы сельскохозяйственная продукция с двух ферм в Палестине отсылалась в Иерусалим в госпиталь для снабжения больных, в том числе белым хлебом. Если выдавался неурожайный год, казначейство выделяло деньги для приобретения зерна, или же его брали из зернохранилищ ордена. Некоторое представление о потребностях центрального госпиталя можно получить, ознакомившись со списком ежегодных пожалований: 100 отрезов сукна для пошива одеял из Франции и Сен-Жиля, 2 тысячи локтей сукна для тех же целей из Антиохии, 2 тысячи локтей бумазеи из Италии – Пизы и Венеции, 200 фетровых шляп из Константинополя, 2 кинтала сахара, лекарства из Мон-Пелерена и Тиверии. В XIII в. резко сокращается число обсуждаемых на Генеральном капитуле вопросов с госпитальной тематикой. Внимание братьев привлекали другие проблемы. К тому же практика госпитального дела на Востоке находилась на более высоком уровне, чем на Западе, и в реформах настоятельной потребности не было.
Было бы интересно понять, какие факторы повлияли на организацию госпиталя. Как уже говорилось, в Европе еще не пришли к тем решениям, что были приняты в ордене в 1182 г. Во Франции подобная организация госпиталей начала реализовываться только в 1221 г. Следует рассмотреть, как было поставлено госпитальное дело в Византии и на Востоке. Примером здесь может служить большой госпиталь, основанный в XII в. в Константинополе императором Иоанном Комнином. Император не только передал госпиталь для лиц обоего пола под монастырскую опеку, но также дома для престарелых и больных падучей, незаконнорожденных, сирот и прокаженных. В самом госпитале было 50 коек, приходившихся на 5 отделений: послеоперационное и основных заболеваний, женское и два отделения для лечения легких заболеваний. В большом штате врачей была женщина-врач. Была операционная, амбулатория и медицинская школа для детей персонала госпиталя. Во главе учреждения был настоятель монастыря, большая часть работы выполнялась братьями. Однако приведенный нами пример относится к более позднему времени. Вероятнее всего, что госпиталь ордена Святого Иоанна находился под влиянием арабской медицины и практики арабских госпиталей.
Госпиталь в Иерусалиме был основан до Первого крестового похода на мусульманской территории. В латинских государствах принимали в лечебницы и лазареты арабских, еврейских, греческих, сирийских врачей и самаритян. Существовали медицинские училища в Антиохии, Триполи и Иерусалиме.