Нам больше известно о численности братьев-воинов на Кипре. Генеральный капитул 1301 г. постановил, что в Лимасоле должны пребывать 80 братьев – 70 рыцарей и 10 сержантов. На следующий год эта пропорция немного изменилась, стало 65 рыцарей и 15 сержантов. Оговаривалось также необходимое количество представителей от каждого ланжиса. В 1306 г. каждый ланжис посылал на Родос 5 рыцарей. После 1291 г. предпринимались попытки ограничить количество рекрутируемых воинов. В 1302 г. ланжис Франции должен был выставлять для ордена на Востоке 15 рыцарей, но обычно он посылал 26 рыцарей, а в 1309 г. он дал только 12. В тот же самый год орден имел относительно большой резерв братьев-воинов на Западе. Так, Фульк де Вилларе призвал 500 рыцарей присоединиться к крестовому походу. Должно быть, квота на братьев-воинов на Востоке была увеличена на следующий год, потому что орден мог послать на Кипр с Родоса 80 братьев рыцарей, 20 пажей и 200 пехотинцев. На Кипре находилось достаточно воинов, и потому рыцари и пехотинцы остались на Родосе в гарнизоне.
По-видимому, вооруженные силы госпитальеров состояли не только из братьев ордена. Они были представлены братьями-рыцарями; малым числом братьев-сержантов; рыцарями-вассалами, призывавшимися для участия в военных кампаниях и для охраны крепостей; туркополами; наемниками и вспомогательными частями союзников. Можно себе представить, насколько это были большие траты для ордена. И боеспособность войск ордена зависела не только от числа конвентуальных братьев в Сирии, но и от количества наличных денег для платы наемникам и рыцарям-вассалам.
В XII в. орден Святого Иоанна имел собственный флот, хотя большую часть перевозок осуществляли корабли Прованса и Каталонии. Однако в XIII в. положение ордена во все большей степени начинало зависеть от материальных ресурсов Европы, где госпитальеры имели значительную земельную и иную собственность. И как следствие, развивался и рос флот, о чем свидетельствуют многочисленные торговые соглашения и государственные указы, касавшиеся перевозки зерна, хлеба, овощей, лошадей и мулов в Сирию. Нам известны названия многих кораблей, которые отражают дух времени: «Святой Иоанн», «Сокол», «Гриф», «Графиня», «Бонавентура», «Святой Андрей», «Дева Мария Назаретская». К 30-м гг. XIII в. орден уже располагал значительным флотом, базировавшимся в нескольких европейских портах, но прежде всего в Марселе, где конвентуальный дом выступал в роли посредника во взаимоотношениях с купцами и где находился
Капитана корабля госпитальеров, о котором впервые упоминается в 40-х гг. XIII столетия, называли
До 1291 г. корабли ордена использовались, вероятно, в основном в качестве транспортного средства. Хотя несколько галер – это были 1280-е гг. – были отправлены в помощь французам, которые вышли в поход против Арагона. После потери Сирии госпитальеры и тамплиеры приступили к строительству военных флотов, и к 1300 г. у ордена Святого Иоанна на Кипре было уже 10 галер. Появилась необходимость учреждения новой должности –