Получив привилегии в финансовых делах и право иметь своих священников, орден освободился от епископальной власти и вышел из-под юрисдикции обычных судов. Под интердикт не подпадали церкви, которые орден сохранил за собой; во время интердикта им разрешалось хоронить братьев. В отношении судопроизводства можно утверждать, что к концу XII в. на практике госпитальеры были ответственны только перед Римом. Неясность формулировок той или иной привилегии вела к их различной интерпретации, что вызывало ожесточенные споры между госпитальерами и епископами, когда каждая сторона отстаивала свои позиции.
Рим обычно поддерживал орден в этих диспутах. Тем не менее орден не надеялся отстоять свою точку зрения, не имея своего представителя в суде Рима. Поэтому в XIII в. при Папской курии находилось постоянное представительство ордена. В XII в., вероятно, всякий раз, когда в том возникала потребность, братья временно представляли орден в качестве
При поддержке Рима госпитальеры получили дополнительные привилегии на целый ряд прежде подаренных владений. Это были обрабатываемые братьями земли, а также те земли, на которых выращивалась продукция для ордена, который оставлял себе десятину, собиравшуюся с этих владений. Получаемые доходы шли на поддержку бедняков. Законодательные акты папства, освобождавшие орден от уплаты десятины с находившихся в его владении поместий, вели к ухудшению материального положения местных церквей. Пострадавшей стороной были не только епископы, поскольку в их казну поступали не все налоги, собираемые в епархиях. Финансовые потери несли, хотя и в меньшей степени, монастыри и приходское священство. Более того, подобно другим орденам – цистерцианцам и картузианцам, – госпитальерам были предоставлены налоговые льготы при ведении хозяйства: в овощеводстве и садоводстве, при разведении домашних животных, заготовке фуража и сена, в производстве шерсти, выращивании льна, рыболовстве. Не уплачивалась десятина с земель, отвоеванных у сарацин. Были расширены привилегии, касавшиеся права наследования и платы за погребение. Папа Александр III постановил, что епископы не могут претендовать на часть наследства, оставленного Госпиталю, при условии, если благотворители были прихожанами орденских церквей и завещали похоронить себя на орденском кладбище.