В 1179 г. жалобы Иоанна Солсберийского нашли отклик у большой группы епископов, принявших участие в заседаниях Третьего Латеранского собора. В 1180-х гг. Вальтер Мап, архидиакон Оксфорда и церковный писатель, высказал сожаление, что обращение епископов на соборе осталось неуслышанным из-за действий папы Александра III. Он писал: «Его преподобие кошелек, в отсутствие Божьей любви, завоевал Рим». На отношении Вальтера к независимым духовно-рыцарским орденам сказывалась его ненависть к цистерцианцам. Он считал, что власть орденов возрастала в ущерб авторитету клира. У орденских алтарей служило столько священников, что от этого страдало белое духовенство. Отдельные критические высказывания не могли повлиять на общую ситуацию. С другой стороны, епископы, собравшиеся в 1179 г. в Риме на Третий Латеранский собор, обсудили принятие указа, ставшего поистине обвинительным актом. Братья ордена тамплиеров и ордена госпитальеров были обвинены в нарушении условий передачи им церквей от светских особ, в причащении и погребении отлученных от церкви благотворителей ордена и в ряде других злоупотреблений. Их сборщики милостыни открывали церкви чаще, чем один раз в год; братья погребали умерших в областях, находившихся под интердиктом. Они подрывали власть епископов, побуждая своих собратьев пользоваться привилегиями, которые им не полагались. Собор запретил орденам принимать в дар от светских лиц церкви и десятины без согласия епископов. Все дарения, сделанные в нарушение этого положения «в последнее время», признавались недействительными. Тамплиерам и госпитальерам запрещалось общение с отлученными лицами. Уже назначенным священникам можно было отказать в месте только с разрешения администрации епархии. Орденские сборщики милостыни не должны были допускаться в церкви, находившиеся в областях под интердиктом, чаще, чем один раз в год. Братьям запрещалось погребать умерших в это время. Собратья, жившие в собственных усадьбах, продолжали оставаться в епископской юрисдикции, имея те же обязанности, что и обычные прихожане.
Отсутствуют свидетельства в пользу версии Мапа, который утверждал, что после окончания собора госпитальеры подкупили Папскую курию с целью сделать необязательным выполнение указа. Но несколько папских булл в последующие годы значительно ослабили действенность решений собора. В 1179 г. папа официально запретил отменять все прежние дарения ордену Святого Иоанна. Буллы 1180 и 1184 гг. сурово осудили тех, кто дерзнул, используя авторитет собора, лишить госпитальеров десятины и владений.
Третий Латеранский собор не был безуспешным с точки зрения епископов. По крайней мере, их претензии были услышаны, но спорные вопросы не были урегулированы так, как им хотелось бы, и вал жалоб продолжал нарастать. Жак де Витри, будучи епископом Акры, оказался втянутым в длительный диспут с госпитальерами по поводу их привилегий в своем диоцезе. Он обвинял духовно-рыцарские ордена в секуляризме. Они проявляли алчность, когда речь заходила о земельных владениях. Рядовые братья признавали, что в некоторых случаях необходимо отказываться от собственности, но высшие чины ордена придерживались мнения, что ее нужно сохранить всю как корпоративную. Жак де Витри предлагал обучать грамотных братьев в первую очередь теологии, а не светским наукам, чтобы в каждом ордене наконец-то могли появиться приоры и священники, умевшие читать и писать. Роджер Бэкон сетовал, что обращение язычников является сложным делом по причине раздоров между орденами. Перед Лионским собором 1274 г. папа Григорий Х опубликовал четыре послания, в двух из которых содержалась критика независимых от епископской власти орденов. Автор
На Третьем Латеранском соборе были представители от государств крестоносцев. Их возглавил Гийом Тирский, один из самых последовательных критиков орденов, и опыт иерархов Латинского Востока, полученный в результате общения с орденскими братьями, должно быть, дополнил опыт европейских епископов. Хотя условия в Латинской Сирии отличались от таковых на Западе, та же самая проблема – реакция клириков на привилегии госпитальеров – порождала трудности во взаимоотношениях двух общественных институтов, от которых в большой степени зависел вопрос выживания латинских поселений. Госпитальерам и епископату приходилось сосуществовать, и на низовом уровне их отношения были вполне мирными. Зачастую расхождения между ними объяснялись взаимным непониманием и расхождениями в толковании того или иного вопроса; и в интересах обеих сторон было интерпретировать его в наиболее оптимистическом свете. Именно это характеризовало их взаимоотношения в Латинской Сирии.