Духовно-рыцарские ордена были представителями папства в Латинской Сирии. Высказывалось мнение, что Рим намеревался при их помощи добиться консолидации церкви вокруг единого центра. Это были своего рода каналы, по которым папские субвенции поступали в Святую землю, а в Европу поступала в обратном направлении информация о происходивших там событиях. Папы также часто использовали их в качестве посредников при решении внутренних проблем Латинской Сирии. По мере того как ослабевала светская власть на Святой земле, власть орденов только укреплялась. Папы никогда не шли против их интересов, но явно поощряли их действия. Это благосклонное расположение Святого престола влияло на взаимоотношения госпитальеров с епископатом Латинской Сирии. После 1154 г. иерусалимский патриарх вряд ли имел на них большее влияние, чем обычный митрополит. Гийом Тирский сообщал, что, когда они невероятно разбогатели, папа освободил их от «твердой властной руки Господина Патриарха». И Герхох Рейхербергский еще ранее и более убедительно писал об этом. В 1256 г. папа Александр IV, выдвинув кандидатуру патриарха в качестве апостолического легата при госпитальерах, призвал их соблюдать его наставления и распоряжения, «несмотря на данные Святым престолом вам и вашим слугам, как всему ордену, так и его отдельным представителям, обещания не налагать на орден интердикт и не отлучать от церкви».
Добрые отношения между епископатом и Госпиталем были необходимы для благополучного существования небольших франкских поселений, и вначале епископы оказывали всевозможную помощь ордену. Первый латинский патриарх Антиохии передал им несколько участков земли в городе поблизости от Госпиталя для строительства конюшен. Первые епископы Рафании подарили несколько сельских хозяйств (
Орден осуществлял патронаж над церквями на Востоке с самого начала своего существования. Священник-госпитальер уже в 1134 г., вероятно, мог иметь свой приход. Вначале епископы не имели ничего против этого. В 1115 г. епископ Триполи передал Госпиталю приходскую церковь, а также еще несколько церквей, для которых орден мог поставлять своих священников при условии, что они будут находиться в его подчинении. В 1134 г. патриарх Антиохийский передал магистру приходскую церковь. В 1141 г. патриарх Иерусалимский одобрил передачу земельных участков в Эммаусе в дар ордену. Храм Гроба Господня получал половину десятины с этих земель, но «братья Госпиталя забирали себе все прочие доходы для содержания церквей и часовен, в которых они имеют право совершать евхаристию и проводить венчания, обряды очищения, совершать исповеди и устраивать визитации; к тому же эти церкви могут иметь баптистерии и кладбища». В 1143 г. патриарх Иерусалима передал ордену церковь и землю в местности Акелдама, «где предавали земле тела скончавшихся пилигримов». Монастырь Святого Георгия в Бетгибелине перешел в руки госпитальеров к 1173 г.; и в 1186 г. они приобрели женский монастырь Святой Девы Марии дю Фер и мужские монастыри Мон-Парлье и Святого Георгия. В 1200 г. епископ Акры передал ордену кладбище, расположенное у стен города, и дал разрешение возвести часовню, где можно было проводить богослужение в любое время.
Епископы в латинских поселениях вначале добровольно освобождали Госпиталь от уплаты десятины. Высказывалось мнение, что госпитальеры до 1135 г. не пользовались привилегией, освобождавшей их от власти епископата. Однако частные пожертвования епископов и мирян в виде передачи им десятины совсем не означали, что орден полностью освобождается от ее уплаты. Это была просто передача собственности от дарителя; часть десятины продолжала ему уплачиваться. Поэтому госпитальеры не могли воспользоваться в полной мере этой привилегией в Латинской Сирии, где у них были небольшие земельные владения. Для того чтобы орден мог пользоваться своими правами, теми же, что и в Европе, требовалось получить разрешительную грамоту от епископа. Так, в 1112 г., еще до опубликования буллы