На юге победа Египта над франками и их союзниками у Газы в 1244 г. была началом их конца. В последующие годы под давлением мамлюков южная граница королевства постепенно отодвигалась. Госпитальеры играли важную роль в ее обороне. В 1241 г. Ричард Корнуоллский повторно укрепил крепость в Аскалоне. Император Фридрих II передал ее ордену в 1243 г. и обещал возместить все расходы на ее содержание. В апреле 1244 г. госпитальеры приняли крепость и сразу же приступили к восстановлению и строительству новых укреплений. В 1247 г. ее осадила египетская армия. Орден запросил помощь из Акры и с Кипра. Внезапный шторм разметал египетские корабли, державшие в блокаде крепость. Аскалон был спасен, а эскадра легких судов и галер под командованием Балдуина Ибелина, сенешаля Кипра, доставила продовольствие и подкрепления. Но шторм, разбивший египетские корабли, невольно помог осаждавшим; они собрали деревянные обломки судов, выброшенные на берег после кораблекрушения, и построили из них осадные машины. С помощью тарана ворота цитадели были пробиты, гарнизон больше не мог сопротивляться, и 15 октября крепость пала. Большинство защитников было убито или взято в плен. Это было серьезным поражением для ордена, и вопрос возмещения больших потерь был решен только в 1257 г.
К северу от Аскалона находилась сеньория Арсур. Ее благосостоянию уже угрожали сарацины; ведь теперь это была приграничная территория. В 1261 г. Балиан Ибелин даровал ордену право распоряжаться рентой в 4 тысячи безантов, которую тот собирал с крестьянских хозяйств, в обмен на фиксированную ренту в 1 тысячу сарацинских безантов. Вероятно, это было частью сложной финансовой сделки, в результате которой госпитальеры получали от Балиана в аренду замок, город и сеньорию Арсур за 4 тысячи сарацинских безантов в год. Госпитальеры должны были возглавить администрацию и оборону сеньории. В 1263 г. орден получил право пользоваться доходами от отправления судопроизводства в сеньории. В то же время госпитальеры начали укреплять оборону города. Бейбарс обвинил их в нарушении договора, который они заключили с ним, так как он запрещал строительство новых укреплений. В марте 1265 г. он появился у стен Арсура, имевшего полностью укомплектованный гарнизон и запасы продовольствия. Снабжение шло по морю, а из Акры прибыло подкрепление – отряд рыцарей. Бейбарс отдал приказ саперам подвести подкоп под стены города, и, хотя попытка мусульман забросать ров бревнами не удалась – защитники подожгли их, – благодаря подкопам и применению осадных машин стены были разрушены. Нижний город пал 26 апреля после ожесточенного боя. Три дня спустя комендант цитадели капитулировал при условии, что гарнизон получит свободный выход из города. Обещание было нарушено, и более тысячи человек были взяты в плен, и среди них было много госпитальеров. В 1269 г. орден вернул сеньорию Балиану, который отказался принять от него арендную плату и согласился возместить ордену возможные убытки. Однако все обещания остались на бумаге.