Обосновавшись на Кипре, иоанниты возобновили мелкие вылазки против Египта, совершая пиратские рейды на ливанское и сирийское побережья. В основном сухопутные воины, они всерьез начинают осваивать море. Первые шаги в этом направлении орден госпитальеров сделал еще будучи в Палестине, где его флот занимался пассажирскими и торговыми перевозками, переправляя туда паломников из Европы и соперничая в этом даже с марсельскими, венецианскими и генуэзскими судовладельцами. Но организацией военного флота рыцари занялись под давлением обстоятельств в конце XIII века и вскоре превзошли в этом само Кипрское королевство. Одновременно в 1300 и 1304 годах новый великий магистр Гийом де Вилларэ (1296–1305) пересмотрел статуты (основные законы) ордена и определил в них место и обязанности адмирала в орденской сословной системе. Отныне вся деятельность госпитальеров будет связана со Средиземноморьем. Именно поэтому лучшего примера для рассмотрения действий военных кораблей духовно-рыцарских орденов на море, чем военные морские силы ордена госпитальеров, просто не найти.
Госпитальеры оставались на Кипре с 1291 по 1310 год. Здесь им пришлось осознать, что будущее ордена зависит от владения искусством мореплавания. В 1300 году в архивах ордена впервые упоминается о его военном флоте. Спустя год в документах госпитальеров начинает фигурировать имя адмирала орденского флота. Мечтая о возвращении в Палестину, рыцари построили на верфях Лимасола свои первые военные корабли — галеры и галиоты. Одновременно новый великий магистр Фулько де Вилларе (избранный на этот пост в 1305 году), опытный военачальник, коренным образом реорганизовал орден, уделив особое внимание созданию регулярного военного флота.
Госпитальерам понадобилось всего несколько лет, чтобы полностью восстановить свою ослабевшую в битвах с сарацинами грозную военную мощь. Настала пора вновь переходить к боевым действиям.
Мусульманские пираты. Гравюра на дереве Густава Доре.
В 1305 году генуэзский пират Вильоло де Вильоли обращает внимание великого магистра Фулько де Вилларе на остров Родос, находящийся в восточном Средиземноморье. Госпитальеры с энтузиазмом воспринимают идею обзавестись собственным островом. Формально остров принадлежал Византийской империи, однако последние тридцать лет Родос находился в руках генуэзских пиратов. Надо сказать, что в акватории Эгейского моря вообще сколько-нибудь прочная власть отсутствовала. Южной Грецией по-прежнему управляли западноевропейские князья. Крит и некоторые острова в Ионическом море захватила Венеция. В то время разницы между пиратами, грабителями и купцами практически не существовало. В марте 1302 года кипрский Дом тамплиеров заплатил 45 тыс. серебряных монет в качестве выкупа за Ги де Ибелина и его семью, которых похитили пираты.
Яркой иллюстрацией нравов, царивших в тот период в Средиземноморье, может служить карьера тамплиера Роже де Фло, который вымогал деньги у знатных дам, спасавшихся из Акры, за место на своем судне. Говорили, что он был сыном сокольничего при дворе императора Фридриха II Гогенштауфена и тогда еще носил имя Рихард фон Блюме. После падения династии Гогенштауфенов восьмилетним мальчишкой он был взят юнгой на тамплиерскую галеру в порту Бриндизи. Поменяв свое имя на более латинизированное — Роже де Фло, — он вступил в ряды ордена тамплиеров и дослужился до капитана галеры с символичным для него названием «Сокол».
Исключенный из ордена тамплиеров за недостойное поведение при обороне Акры, Роже де Фло отправился сначала в Марсель, а потом в Геную, где нанялся на галеру «Оливетта». Сказочно разбогатев на пиратском промысле и став предводителем банды каталонских наемников в Сицилии, к 1302 году он уже управлял целой эскадрой из 32 судов с экипажами численностью 2500 человек. Со своей пиратской эскадрой Роже поступил на службу к императору Византии Андронику Палеологу, потребовав за это себе в жены его племянницу Марию, титул великого герцога и двойное — против обычного — жалованье для своих каталонских головорезов. Но после триумфальной победы над турками в провинции Анатолия Роже был убит. А его каталонская шайка головорезов уже с новым атаманом в 1311 году прибрала к рукам герцогство Афинское и удерживала его в течение 77 лет.
Это один из немногих задокументированных эпизодов быстрого взлета и падения, который показывает, как легко было в то бурное время отряду хорошо владеющих оружием мужчин захватить понравившиеся земли и города. Воспользовавшись повсеместной анархией, в июне 1306 года госпитальеры высадились на Родосе и к концу года заняли столицу — город Филермо. А уже в 1307 году папа Климент V благословил эту оккупацию. На овладение всем островом ушло еще три года, но в результате орден госпитальеров целиком прибрал к рукам прекрасно укрепленное и экономически независимое государство.