Справедливости ради надо сказать, что военные неудачи госпитальеров носили, как правило, частный характер. Из большинства столкновений с турками и североафриканскими корсарами они выходили победителями. В архивах ордена только за первую половину XVII века зарегистрировано 18 крупных морских побед и удачных десантов на территории Триполи, Туниса и Алжира. Примером может служить одна из наиболее выдающихся побед, одержанных рыцарями 5 мая 1603 года, когда флот рыцарей внезапно появился у западного побережья Пелопоннесского полуострова. Высаженный на берег десант легко захватил турецкие крепости в Лепанто и Патрасе. Турки потеряли около 400 солдат во главе с главнокомандующим, госпитальеры — только двух рыцарей и 10 солдат.
После сражения при Лепанто великие державы перестали собирать большие эскадры, требовавшие слишком больших инвестиций. К этому времени в Средиземном море создался определенный баланс сил, поддержанию которого немало способствовал орден госпитальеров. Однако победа над турками при Лепанто не уничтожила силу османов; в 1571 году турки захватили Кипр, в 1574 — Тунис, а в 1614 году небольшой отряд турок пытался высадиться на Мальте.
Госпитальеры продолжали вести агрессивные антитурецкие действия. Так, например, они в 1611 году атаковали Коринф в Греции и Керкенну на побережье Туниса. В 1645–1669 годах мальтийские рыцари помогали венецианцам защищать Крит.
После разгрома османов войсками Яна Собесского под стенами Вены в 1683 году начинается новый период средиземноморской истории. Он отмечен постепенным упадком могущества Османской империи, потерпевшей ряд чувствительных поражений в Эгейском и Средиземном морях. В ходе так называемой войны за Морею (1683–1699) госпитальеры действовали в тесном контакте с Антитурецкой лигой, объединившей на первом этапе Испанию, Польшу, Венецию и папское государство. Однако союзники действовали все более вяло. На смену средневековой романтике крестовых походов приходило трезвое стремление развивать торговые связи в восточном Средиземноморье. Герцогство Тосканское и Генуя первыми утратили интерес к войне. За ними последовала Венеция, получившая по Карловицкому миру (21 февраля 1699 года) Морею и часть Далматского побережья. В 1718 году турецкая война закончилась, а вместе с ней и крупные морские кампании в левантийских водах.
В 1705 году госпитальеры начали строить новые тяжелые парусные суда — линейные корабли — в дополнение к своим весельным галерам. Были созданы специальные фонды для финансирования этого строительства, и рыцари-госпитальеры должны были прослужить на новых военных кораблях четыре шестимесячных срока, перед тем как получить повышение. И хотя война на море почти затихла, причем во многом благодаря госпитальерам, полностью военные действия не прекращались никогда: например, в 1749 году госпитальеры атаковали Оран. В 1770 году Россия разбила османский флот, но опасность на море не исчезла. В апреле 1798 года около острова Гоцо госпитальеры захватили тунисское судно. Мальтийский флот рыцарей-госпитальеров до самого конца существования Мальтийского рыцарского государства состоял из четырех галер, двух линейных кораблей и двух фрегатов.
У госпитальеров, живущих на Мальте, как и на Родосе, Корсо (corso — узаконенное полупиратство) играло немаловажную роль в экономике острова. Это занятие не было ни грубым пиратством, ни официально лицензированным, ведущимся по установленным правилам каперством (каперством назывались действия корсаров на службе у государства) против враждебных судов, без различия религиозной принадлежности. Скорее Корсо можно назвать своеобразной формой священной войны, ограниченной (по крайней мере, на практике) нападениями на суда «неверных». Эта практика велась по лицензии магистра ордена (который получал десять процентов добычи) и контролировалась специальным трибуналом. При этом отдельные госпитальеры по собственной инициативе могли снарядить корабль и отправиться на поиски вражеских судов. Особенно прибыльной была морская охота в Эгейском море и в левантийских водах. Время от времени родосские корсары-госпитальеры нападали на венецианские торговые корабли, что приводило к дипломатическим конфронтациям и конфискации доходов госпитальерского приорства в Венеции.