В «академическом огороде», как называли тогда ботанический сад при Академии наук, Крашенинников был сначала помощником заведующего Иоганна Сигизбека. Этот «ученый» пробовал опровергать в науке все, что, по его мнению, было неугодно богу. Он, например, написал трактат, направленный против учения Коперника, всячески доказывая в нем, что Земля неподвижна.
В Академии подобный трактат вряд ли мог найти еще какого-либо сторонника среди естествоиспытателей. Но надо думать, у Сигизбека находились покровители иного рода. В XVIII веке богословы относились к Копернику настороженно, с опаской. Ученикам Иконоспасской школы систему мира продолжали объяснять по Птолемею. Совсем не лишним поэтому было замечание, которое сделал в одном из своих выступлений, посвященном Копернику, известный математик Даниил Бернулли: «Времена, когда нельзя было, не впадая в ересь, сказать, что земля кругла, что существуют антиподы, что земля движется, — отнюдь не заслуживают похвал». Изредка и в научном мире все еще появлялись «ниспровергатели» Коперника вроде Сигизбека. Он занимался, впрочем, сходными упражнениями и в области ботаники: «опровергал» Линнея, доказывая, что растения не могут иметь пола, ибо бог не допустил бы такой безнравственности.
Подобные труды были излюбленным занятием Сигизбека. А его сыновья, великовозрастные повесы, безнаказанно буйствовали в ботаническом саду, нагоняя страх на стариков-садовников и портя редкие растения.
Заведующий «академическим огородом» встретил нового помощника недружелюбно и начал донимать его разными придирками и кляузами. Наконец Сигизбек был уволен, и заведование садом передали Крашенинникову, который немало потрудился, чтобы привести его в порядок.
Начал Крашенинников в эти годы описание местной флоры. Он обратил внимание на то, что ни в ботаническом саду, ни в академической кунсткамере почти не было растений из близких к Петербургу мест. Ученый отправился в окрестности Петербурга и Новгорода. Он бродил по лугам, забирался в топкие болота и возвращался в столицу с богатым сбором. В собранной им коллекции было несколько сот растений.
Спутником и помощником Крашенинникова в этих маршрутах и ботанических исследованиях был его ученик — двадцатичетырехлетний К. И. Щепин, имя которого вошло в историю русской науки XVIII века. Константин Щепин к тому времени, как он встретился с Крашенинниковым, уже побывал за границей, пробовал получить медицинское образование в Италии, в Падуанском университете, но денег, да и подготовки для обучения не хватило. В 1751 году он был принят в студенты Петербургской Академии наук и, по его собственному желанию, определен для изучения натуральной истории к С. П. Крашенинникову. Вскоре «для поощрения его к дальним [то есть дальнейшим] успехам в науке» Щепина назначили также на должность переводчика. Крашенинников высоко оценил любознательность, способности и неистощимую энергию своего нового ученика. Для совершенствования в области ботаники Щепин был направлен в 1753 году в Голландию на три года. Он переписывался со своим учителем, надеялся работать вместе с ним по возвращении в Россию. Но когда он вернулся, наставника его уже не было в живых, а самого Щепина перевели из Академии в медицинское ведомство. Одно из описанных им растений Щепин назвал в память о Крашенинникове его именем. «Этот человек, — писал он, — ученейший муж, мой доброжелатель и учитель». Позднее Щепин стал доктором медицины, крупным медиком. Он сохранил и живой интерес к ботанике, преподавал ее наравне с медицинскими предметами ученикам Московской госпитальной школы. Щепин — один из тех, кто был обязан Крашенинникову как первому подлинному наставнику в науке[51].
В годы академической деятельности Крашенинников нередко выступал по важным научным вопросам совместно с Ломоносовым. В 1750 году, например, оба они решительно выступили против превратной трактовки истории Древней Руси в работе Миллера «Происхождение имени и народа Российского», в которой древнерусскому государству вопреки историческим данным приписывалось норманское происхождение. После выступления Крашенинникова Миллер грубо заявил, что Крашенинников в Камчатской экспедиции был у него «под батожьем» (под палками), то есть, будучи простым студентом «худородного» происхождения, находился под его начальством. По справедливым словам А. П. Окладникова, «это было драматическое столкновение не только двух противоположных политических направлений в исторической науке того времени — норманистов и антинорманистов, — но и классов, крепостника по убеждениям Миллера и солдатского сына Крашенинникова»[52].
В 1750 году Крашенинникову было поручено дело, к которому от отнесся с особенной любовью и занимался им вплоть до конца жизни: ему отдали в заведование академическую гимназию и университет.
Сохранившиеся документы о педагогической деятельности Крашенинникова свидетельствуют о внимательном и любовном отношении его к своим молодым питомцам.