К счастью, митрополит Макарий сумел избежать судьбы своих предшественников: он не только удержался на святительском престоле, но и добился значительного усиления авторитета московского митрополита. 16 января 1547 года митрополит Макарий впервые в русской истории совершил в Успенском соборе чин венчания на царство великого князя Ивана Васильевича (будущего Ивана Грозного). Святитель торжественно, в присутствии всего освященного собора, возложил на юного государя бармы и царский венец («шапку Мономаха»), обратившись к нему с особым поучением, в котором обосновывалась особая роль Богом избранного православного государя. Спустя всего полмесяца в том же Успенском соборе митрополит Макарий венчал царя Ивана и его супругу Анастасию Романовну.
1547 год ознаменовался для святителя и тяжкими испытаниями. 21 июня Москву поразил страшный пожар, получивший у современников название «Великий». Он начался на Арбате; сильный ветер моментально пронес огонь через все Занеглименье. Огонь перекинулся в Кремль: сгорели верх Успенского собора, крыши на царском дворе, казенный двор, Благовещенский собор, Оружейная палата со всем оружием, Постельная палата с казною, митрополичий двор, Чудов и Вознесенский монастыри, все дворы в Кремле и Китай-городе. Порохом разорвало крепостные стены. Погибло множество народа (1700 человек, по подсчетам летописца). Митрополит Макарий едва не задохнулся в Успенском соборе от дыма. Его с трудом вызволили из церкви; святитель нес с собою образ Божией Матери, написанный святителем Петром. Сопровождавшие святителя Кекса Татищев и священник Успенского собора Иван Жижелев сгорели на соборной площади; митрополит же уцелел и ушел на крепостную стену, на тайник, проведенный к Москве-реке. «И там от тяжкого дыма и от великого жара невозможно стало находиться, — свидетельствует летописец, — и начали спускать митрополита с башни, обвязав веревками, к Москве-реке; и оборвались веревки, и расшибся митрополит». Едва отдышавшегося святителя отвезли в Новинский монастырь, находившийся к западу от Москвы. Здесь его на следующий день навестили царь и бояре. Во время пожара Макарию опалило глаза, так что правый глаз совсем перестал видеть.
За пожарами последовали мятежи черных людей. Происшедшее столь сильно подействовало на митрополита Макария, что он помышлял даже оставить митрополичью кафедру и удалиться в Пафнутиев Боровский монастырь, в котором некогда принял пострижение. Впрочем, уже вскоре святитель возвращается к активной деятельности.
Макарий стал инициатором проведения важных церковных реформ. В том же 1547-м, а также в 1549 годах митрополит созывает церковные соборы, на которых проводится большая работа по канонизации русских святых. До святителя Макария почитание святых на Руси осуществлялось по благословению и властью местного архиерея. В результате множество местных святых почиталось в одной епархии, но не почиталось в другой. На церковных соборах 40-х годов XVI века к лику святых были причтены почти сорок новых русских чудотворцев. Это потребовало написания новых житий и служб им. Составленная по инициативе святителя «Книга новых чудотворцев» стала своеобразным дополнением к Великим Минеям Четьим.
В феврале 1551 года под руководством митрополита Макария созывается новый собор, получивший название Стоглавого, или Стоглава. (Собор был созван по поводу обращения царя с рядом вопросов и изложил свои решения в 100 пунктах, или «главах», отчего и получил свое название.) Вопросы, которых касался собор, были самыми разными: от укрепления церковной дисциплины и нравственности монахов, развития духовного образования, благотворительности до внешнего вида христианина и регламентации его поведения. Помимо прочего, собор, под страхом проклятия, запретил троеперстное знамение и так называемую «трегубую аллилуйю», то есть ввел обязательное совершение крестного знамения двумя перстами и двукратное повторение «аллилуйи». (Это стало причиной того, что решения Стоглава впоследствии рассматривались в качестве образцовых старообрядцами, но были преданы забвению официальной Церковью после Никоновских реформ.) По словам современного историка, «если бы Макарий принялся искоренять троеперстие с такой же нетерпимостью, с какой Никон ополчился на двоеперстие 100 лет спустя, церковная смута была бы неизбежна». Однако, к счастью, митрополит Макарий сумел удержаться от последовательного проведения в жизнь этих решений собора. На этом же соборе была подтверждена незыблемость монастырского землевладения.