В 1523 году Макарий переселяется в Можайск. 15 февраля митрополит Даниил ставит его архимандритом в Лужецкий монастырь Рождества Пресвятой Богородицы, основанный преподобным Ферапонтом Можайским в XV веке. Здесь святой провел более трех лет. Он обратил на себя внимание великого князя Василия III, который нередко посещал подмосковные монастыри, моля Бога «о чадородии», то есть о даровании ему наследника. Летописи свидетельствуют о том, что великий князь весьма почитал лужецкого архимандрита. Полагают, что Макарий был в числе тех церковных деятелей, кто одобрил развод Василия с его первой женой Соломонией Сабуровой и благословил великого князя на второй брак с Еленой Глинской (1525/26 год).
4 марта 1526 года архимандрит Макарий был поставлен архиепископом Великого Новгорода и Пскова. Эта старейшая русская архиерейская кафедра пустовала к тому времени более семнадцати лет (после низложения архиепископа Серапиона). Отправляя святителя в Новгород, великий князь возвратил ему сокровищницу прежних новгородских архиепископов, задолго до того вывезенную из Новгорода в Москву, а также передал неких своих бояр. 29 июля того же года архиепископ Макарий прибыл в Новгород и был торжественно встречен новгородскими наместниками, архимандритами и игуменами монастырей, священническим чином и всем «народом градным».
Шестнадцать лет владыка Макарий возглавлял Новгородскую епархию и заслужил горячую любовь как новгородцев, так и псковичей. «Воссел же святой на архиепископском престоле, — пишет псковский летописец, — и была людям радость великая не только в Великом Новгороде, но и во Пскове, и повсюду. И был хлеб дешев, и монастырям облегчение в податях, и людям заступление великое, и сиротам кормитель был». «При сем архиепископе владыке Макарии, — вторит ему новгородский летописец, — во всей архиепископии его послал Господь Бог милость Свою на люди Своя, молитвами его времена тихи и прохладны, и обилие великое…»
Следуя уставам преподобных Пафнутия Боровского и Иосифа Волоцкого, а также исполняя постановления московского собора 1503 года, новгородский архиепископ принимает решение о введении единообразного иноческого общежитийного устава во всех новгородских монастырях. Святитель снижает поборы с черного и белого духовенства, разграничивает мужские и женские обители. В годы его святительства начинается миссионерская деятельность среди соседних с Новгородской землей северных народов. По благословению архиепископа Макария среди язычников-лопарей (саамов) проповедует преподобный Трифон Печенгский, основатель Печенгского Кольского монастыря; по инициативе самого Макария, к саамам направляется иеромонах Илья; преподобный Феодорит Кольский, продолжая их труды, обращает в христианство две тысячи язычников и переводит на язык лопарей Евангелие.
Святитель Макарий по-отечески заботится о своей пастве. Во время приключившихся в Великом Новгороде народных бедствия — мора и засухи — он созывает клир и сам служит молебны с чином омовения мощей и затем велит кропить водой в окрестностях; после этого мор прекращается. Святитель сам хоронит сгоревших в тюрьме во время пожара, собирает деньги для выкупа соотечественников у татар, посылает великому князю часть свечи от мощей преподобного Варлаама Хутынского, чудесным образом возгоревшейся ночью, поет молебны по случаю победы над татарами. Он неустанно ходатайствует за опальных новгородцев в Москве и отмаливает многих от уз и темницы; добивается освобождения томящихся в псковских тюрьмах молодых татарок, обращает их в христианство и препоручает попечению священников, которые выдают бывших иноверок замуж.
Большую заботу проявляет святитель о строительстве храмов в своей епархии. Он украшает кафедральный Софийский собор новыми иконами, новыми царскими вратами и богато украшенной завесой, устраивает амвон искусной работы. Для главного кафедрального собора Новгорода отливается большой колокол. С внешней стороны на соборе были написаны образы Святой Троицы и Софии Премудрости Божией «на поклонение всем православным христианам». Всего при святителе Макарии только в Новгороде строятся, перестраиваются, украшаются после пожаров около сорока храмов; все они снабжаются утварью, книгами и сосудами из мастерских, учрежденных святителем. Среди новопостроенных церквей — храм святителя Николая на владычном дворе, возведенный по повелению архиепископа Макария в 1542 году. По указанию архиепископа в Пскове строится архиепископский дворец.
Будучи «иконником искусным», святитель Макарий лично поновляет великую святыню Новгородской земли — икону Знамения Божией Матери, обветшавшую за долгие годы. По окончании работы преосвященный архиепископ проводил с честью «Пречистую Богородицу с крестным ходом, при стечении большого количества новгородцев в храм Пресвятой Богородицы».