После низложения Шуйского начинается, по выражению исследователей,
Прежде всего, перед боярским правительством встал вопрос об избрании нового царя. Был созван Земский собор, мнения на котором разделились. Патриарх Гермоген настаивал на возвращении престола Василию Шуйскому или, если это представлялось невозможным, на избрании на царство одного из русских бояр: либо князя Василия Васильевича Голицына, либо пятнадцатилетнего Михаила Федоровича Романова (сына митрополита Ростовского Филарета, насильно постриженного в монахи при Борисе Годунове). По инициативе патриарха в церквях совершаются молебны об избрании царя «от корени российского рода». Однако среди бояр возобладало иное мнение: избрать на русский престол польского королевича Владислава, сына Сигизмунда III. В условиях непрекращающейся внутренней войны такой кандидат казался боярам наиболее подходящим, ибо, по мнению многих, мог примирить враждующие стороны. Более же всего бояр страшил Тушинский вор, стоявший в Коломенском и начавший уже жечь слободы и деревни у самого города.
Вероятно, бояре рассуждали так, как обыкновенно рассуждают люди, оказавшиеся в подобных ситуациях. Поляки казались им меньшим злом, нежели тушинские воры. Но вся история русской Смуты начала XVII века (да и последующие, не менее драматические события русской истории) доказывает: сознательный выбор «меньшего», но все-таки зла — всегда гибелен для государства. И патриарх Гермоген, пожалуй, единственный во всей тогдашней России до конца осознавал это.
Тем временем правительство вступило в переговоры с гетманом Жолкевским, стоявшим близ Москвы, и согласилось заключить с ним договор, по которому русский престол переходил бы к королевичу Владиславу. Патриарх был бессилен помешать исполнению этого плана. Однако он потребовал, чтобы непременным условием избрания Владислава было принятие им православия. Кроме того, патриарх настаивал, чтобы королевич крестился до прибытия в Москву, чтобы он женился на православной русской, чтобы он не сносился с папой по делам веры, не принимал от него благословения и не допускал на Русь латинских учителей, чтобы была введена смертная казнь для тех из русских, кто вздумал бы перейти в католичество, чтобы на Руси не было ни костелов, ни протестантских молельных домов и чтобы православие по-прежнему оставалось господствующей религией. Жолкевский согласился на ряд условий (относительно почитания икон и святых мощей, охранения храмов и церковных имуществ и т. д.), но сумел уйти от главного вопроса — относительно принятия королевичем православия. «Даст-де король на царство сына своего Владислава, а о крещении-де пошлете к королю послов челом бить», — отвечал он боярам. К тому времени бояре были согласны на все. Но когда они пришли за благословением к патриарху, святитель отвечал им с твердостью: «Если королевич крестится и перейдет в православную христианскую веру, то я вас на том благословляю. Если же не крестится, то будет оттого всему Московскому государству и всей православной вере погибель и не будет на вас моего благословения». Слова патриарха, к несчастью, оказались пророческими.
Между тем Москва присягала Владиславу, не дожидаясь от короля никаких гарантий. Вскоре под Смоленск, к королю Сигизмунду, было отправлено «великое» посольство для окончательного заключения договора. Это посольство, численностью более тысячи человек, представляло собой часть Земского собора во главе с ростовским митрополитом Филаретом и князем Василием Голицыным. Послам вручили наказ, по которому они должны были настойчиво требовать, чтобы Владислав явился в Москву уже православным. Патриарх благословил послов и наказал им крепко стоять за православную веру, не поддаваясь ни на какие уговоры короля Сигизмунда. Королю же и королевичу он отправил особые грамоты, в которых убеждал их не противиться желанию народа видеть на русском престоле православного государя.
Спустя несколько недель патриарха ждал новый удар. В ночь на 21 сентября 1610 года бояре, опасавшиеся Тушинского вора, впустили в Москву польское войско гетмана Жолкевского. Протесты патриарха не были приняты во внимание. Святителю было сказано прямо, что его дело смотреть за церковным строением, в мирские же дела ему вмешиваться не следует.
Между тем Сигизмунд отказался от достигнутых ранее договоренностей. Теперь уже он сам, а не королевич Владислав намеревался занять русский престол. Разумеется, вопрос о переходе короля в православие даже не ставился; фактически речь шла о простом присоединении России к Речи Посполитой.