Филарет и Голицын, однако, не поддавались на уговоры поляков и твердо держались того наказа, который дал им патриарх. В конце концов, им пришлось отправлять в Москву гонца за дополнительными инструкциями. К тому времени в Москве уже знали о намерениях Сигизмунда. Среди бояр нашлось немало таких, кто готов был полностью подчиниться королю: ими двигало чувство самосохранения и животный страх перед чернью, все еще поддерживавшей Тушинского вора. И лишь патриарх по-прежнему незыблемо стоял на защите православия и государственных интересов России. Не раз изменники бояре приходили к нему, убеждая подчиниться требованиям короля. Во время одной из таких встреч, 30 ноября, Гермогену предложили подписать заранее составленную грамоту королю. Патриарх не только сам решительно отказался подписывать грамоту, но и воспретил делать это боярам; кроме того, он стал угрожать разрешением русских людей от клятвы королевичу Владиславу и призывом к открытой защите веры и государственности. В приступе гнева один из изменников, Михайло Салтыков, замахнулся ножом на патриарха. Гермоген не испугался, но тут же проклял боярина. Немного спустя Салтыков раскаялся и выпросил прощение — но, конечно, неискренне, лишь внешне. Он так и остался личным врагом патриарха.
На следующий день в Успенском соборе святитель обратился к народу с речью, убеждая собравшихся не присягать королю, но встать на защиту веры и отечества. Эти слова нашли самый живой отклик в сердцах людей, хотя поляки и постарались, чтобы крамольные речи патриарха не получили дальнейшего распространения. Бояре же все-таки отправили грамоту своим послам под Смоленск с выражением готовности признать волю короля Сигизмунда. Подпись Гермогена отсутствовала, и это дало основание русским послам не подчиниться указаниям московских изменников. Голицын и Филарет заявили, что без согласия патриарха не может быть и речи о каких бы то ни было уступках. «У нас, — говорил полякам Василий Голицын, — издавна так велось при прежних государях: когда какое-либо государственное или земское дело начиналось, то все государи наши призывали на совет патриарха и митрополитов и архиепископов и без их совета ничего не приговаривали. Ныне по грехам нашим мы стали без государя, а патриарх у нас человек начальный (то есть главный. —
К этому времени изменилась ситуация и в самой России. 11 декабря 1610 года Лжедмитрий II был убит одним из своих сподвижников, крещеным татарином Петром Урусовым. Весть об этом вызвала бурную радость в Москве — как среди поляков и их приспешников, так и среди патриотов. Если прежде многие мирились с присутствием в столице поляков, главным образом, из-за боязни Вора, то теперь все чаще стали раздаваться призывы к изгнанию захватчиков. По свидетельству самих поляков, «для лучшего в замысле успеха и для скорейшего вооружения русских патриарх Московский тайно разослал по всем городам грамоты, которыми, разрешая народ от присяги королевичу, тщательно убеждал соединенными силами как можно скорее спешить к Москве, не жалея ни жизни, ни имуществ для защиты христианской веры и для одоления неприятеля». Первые (не сохранившиеся) патриотические воззвания патриарха Гермогена появились 25 декабря 1610 года; последующие были написаны 8 и 9 января 1611 года в Нижний Новгород и Суздаль или Владимир.