Патриарх Гермоген скончался 17 февраля 1612 года. Причины его смерти по-разному называются в источниках: одни говорили, что святитель умер голодной смертью, другие — что он «от зноя задохнулся» (то есть был отравлен печным дымом) или был удавлен. Спустя несколько месяцев после его смерти, в конце октября 1612 года, Москва была освобождена от поляков, а через год было осуществлено и другое желание патриарха: 21 февраля 1613 года на престол Российский избран юный Михаил Федорович Романов, на которого святейший патриарх указал еще в 1610 году.
Подвиг патриарха Гермогена был высоко оценен современниками и ближайшими потомками, русскими книжниками первой половины XVII века. «Непоколебимый столп», удерживающий на себе своды «великой палаты» — России, «крепкий адамант», то есть алмаз, православной веры, мученик и великий страстотерпец — таким вошел святитель в сознание русских людей. Однако в первые годы после завершения Смуты раздавались, как ни странно, и голоса, осуждавшие святителя за его призывы к вооруженному отпору интервентам, что якобы не приличествовало его святительскому сану. Яркую зарисовку такого мнения дает князь Иван Хворостинин, автор одной из повестей, посвященных Смутному времени: «Некоторые говорили, что этот патриарх вселил в души искушение и смятение и возбудил людей на борьбу с врагами, пленившими нас; все они были врагами истреблены, и много крови пролилось из-за его поучений». (Сам князь Хворостинин, как и другие авторы того времени, относился к патриарху-мученику с величайшим почтением.)
Для полноты картины приведем еще одну, впрочем, едва ли объективную характеристику, данную святителю Гермогену автором русского Хронографа 1617 года: «Был он образованным мужем и красноречивым, но не сладкогласным. В божественных словах постоянно упражнялся, и все книги Ветхого завета и Новой благодати и уставы церковные и законоположения постиг в совершенстве. А характер имел тяжелый („нравом груб“) и не спешил прощать наказанных. Дурных людей от хороших быстро не мог отличить, а к льстецам, а более того — к людям хитрым прислушивался и доверял сплетням. Когда же после царя Василия оказалась Москва во вражеских руках, тогда хотел он предстать непоколебимым заступником народа, но уже минуло время и час прошел. Тогда хоть и ярился он на клятвопреступных мятежников и обличал их борьбу с христианами, но схвачен был немилосердными руками, и, словно птицу в сетях, голодом его уморили, и так умер он». Но вот мнение другого современника, специально отвечавшего автору Хронографа: «О патриархе Ермогене некто от мятежник написал хулу и ложь, сказуя в истории сей о нем, но несть истина сице сказуемое. Если словесен и хитроречив (то есть образован и красноречив. —
Патриарх Гермоген был похоронен в московском Чудовом монастыре. В 1652 году, при царе Алексее Михайловиче, тело святителя было перенесено в Успенский собор — усыпальницу московских митрополитов и патриархов. Оказалось, что тело его не подверглось тлению, и поэтому оно не было опущено в землю, но оставлено в особой гробнице сверх соборного помоста. В 1812 году захватившие Москву французы кощунственно выбросили останки патриарха из гроба, но после изгнания неприятеля эти останки были найдены целыми на полу и опять положены в прежнюю гробницу.
В народной памяти патриарх Гермоген всегда оставался святым, мучеником и страдальцем. Однако причтение его к лику святых произошло лишь в 1913 году, во время торжественного празднования 300-летия дома Романовых. Церковь празднует память священномученика Гермогена (Ермогена), патриарха Московского, 17 февраля (1/2 марта), 12 (25) мая, а также 5 (18) октября — вместе со святителями Московскими Петром, Алексием, Ионой и Филиппом.