Когда в июле 1936 года вспыхнула гражданская война в Испании, фашистское правительство Италии вскоре начало оказывать помощь националистам во главе с генералом Франко. В результате Regia Aeronautica уже в августе организовывала «Aviacion del Terico» (Воздушные силы Испанского Иностранного Легиона), на вооружении которого были бомбардировщики S. 81 и истребители CR. 32. Вооруженный конфликт в Испании предоставил компании «SIA1» идеальную возможность проверить новый бомбардировщик, и в феврале 1937 года три S. 79 из 12. Stormo были направлены в Сан-Хуан (San Juan) на Майорке (Majorca), Балеарские острова, откуда они предпринимали атаки республиканских судов, а так же бомбили наземные цели, например авиационную базу в Реус (Reus) и арсенал в Картахене (Cartagena). Бомбардировщик S. 79 был одним из наиболее совершенных военных самолетов в испанском небе, который не могли перехватить республиканские истребители, за исключением советского И-16 «Rata».
В течение весны 1937 года итальянский воздушный контингент был реорганизован и увеличен, в результате став называться «Aviacion Legionaria» (Воздушные силы ле-гиона). Значительно увеличившееся количество бомбардировщиков S. 79, было перебазировано непосредственно на территорию Испании, где в составе 29. Gruppo (SquadrigHe 280. и 289.) играли значительную роль во всех проводимых в дальнейшем кампаниях националистов. Летом 1937 года была сформирована новая - 30. Gruppo. с 28 К и 285. SquadrigHe, которая вместе с 29. Gruppo образовала III. Sformo "Sparvieri". 8. Stormo "Falchi delle Baleari" («Ястребы Балеаров») базирующийся на Балеарс-ких островах был единственным итальянским подразделением, которое воевало в Испании до самого окончания боевых действий. 28. Gruppo была возвращена в Болонью (Bologna) в ноябре 1937 года, а за ней, в январе 1938 года, вернулась и 27. Gruppo. До самого окончания войны, «Falchi delle Baleari» препятствовали судоходству республиканцев, бомбили гавани на средиземноморском побережье Испании, атаковали цели в крупных тродах - Валенсия (Valencia) и Барселона (Barcelona), а так же осуществляли общее давление на республиканцев, которое было больше политическим, чем военным. К моменту окончания войны самолеты 8. Stormo налетали 7527 часов и сбросили 1293 тонн бомб.
1 января 1938 года, генерал Балле (Valle). начальник штаба Regia Aeronautica. вылетел с секретной миссией из Гуидони (Guidonia) в Барселону (Barcelona), для проведения испытаний по адаптации S.79 для ночных бомбовых ударов. После успешного, хотя и опасного полета (для 51-летнего пилота) в течение пяти с половиной часов над морем 800 кг бомб было сброшено на гавань в Барселоне.
Националисты были в таком восторге от бомбардировщиков S. 79, что использовали свои валютные резервы, для закупки двадцати шести самолетов ценой по 1109600 лир каждый, с поставкой первого самолета, в августе 1937 года.
Первым испанским подразделением, которое получило на свое вооружение бомбардировщики S. 79, стала Grupo 3-G-28 - восемь самолетов S. 79 (серийные номера от 28-30 до 28-37), в конце года к нему присоединились 4-G-2S и 5-G-28 в составе которых находились S. 79 (серийные номера от 28-38 до 28-55) и. наконец, весной 1938 года, была сформирована Grupo 6-G-28 в состав которой входило восемь S. 79 (серийные номера от 28-56 до 28-63).