Буксировщики мишеней В-71А имели ряд отличий от бомбардировщиков В-71 советской постройки. Буксировщики не имели вооружения, нос фюзеляжа не имел остекления – был зашит металлом. Фиксированные мачты радиоантенн на верхней части фюзеляжа заменили убираемой антенной в нижней правой части фюзеляжа. На переплете фонарей кабин монтировались зеркала заднего вида. Большинство самолетов В-71 А не имело круглых иллюминаторов в бортах задней части фюзеляжа. По левому борту фюзеляжа за центропланам крыла имелась подножка для членов экипажа. Вместо люковой пулеметной установки монтировалось обтекатель, под которым пропускался трос буксировочного оборудования. Оборудование состояло из лебедки барабана с тросом диаметром 2,5 мм и 3-метрового конуса, по которому вели стрельбу истребители на тренировках. Лебедка и барабан монтировались в бомбоотсеке. Установка буксировочного оборудования нарушило балансировку самолета. Для компенсации смещения центра тяжести в кабину штурмана пришлось уложить балласт массой 240 кг.
Все самолеты В-71 А постройки заводов Аэро и Авиа окрашивались по стандартной схеме люфтваффе. Верх – черно-зеленый RLM-70 и темно-зеленый RLM-71, низ – светло-голубой RLM-65. На большинстве В-71А кресты Stammkennzeichen были нанесены краской черного цвета на бортах в задней части фюзеляжа, на верхних и нижних поверхностях крыльев. Где-то между концом 1939 г. и летом 1940 г. на фюзеляжах и верхних поверхностях крыла нарисовали Balkenkreuxe. Эти опознавательные знаки использовались до середины 1940 г., когда им на смену пришли большие кресты, а свастику переместили с руля на все вертикальное оперение.
В люфтваффе большинство В-71 А поступило на вооружение Luftdienst- Kommando 6. самолеты использовались для буксировки мишеней и разведки погоды. Другие В-71 А эксплуатировались в Ausbildungsgruppe-104 (тренировочная группа 104), Jagdfliegerschule-4 и в секретной бомбардировочной группе KG-200. Надежные и прочные В-71 А долго служили в люфтваффе. По состоянию на 31 марта 1944 г. в люфтваффе имелось 57 самолетов В- 71 А, но уже на 30 сентября 1944 г. их осталось всего девять – сказалась нехватка запасных частей.