Опера, по мелодике представляющая собой смесь русских, ближневосточных и еврейских мотивов, была положительно встречена критиками и музыкальной общественностью. В ней присутствовали не только серьезные вокальные партии, но и интересные хоровые фрагменты. В советское время, как и большинство опер на библейские сюжеты, «Руфь» была выведена из регулярного репертуара и забыта.
Следующая опера «Азра», также поставленная в Тифлисе в 1890 году, продолжала линию «восточных» произведений. В основе либретто — старинное мавританское сказание, будившее воображение многих деятелей искусства, в том числе великого Генриха Гейне. До наших дней опера полностью не дошла — композитор по неизвестным причинам уничтожил свое произведение. Известны лишь отдельные фрагменты оперы, в частности «Романсеро» из 3-го акта, который автор посвятил Н. Зарудному.
Конечно, талантливому молодому музыканту было тесновато в рамках провинциального оперного театра, ему уже очевидно пришло время всерьез покорять столицы. Но десятилетие, проведенное в Грузии, подарило композитору массу творческих идей и бесценный административно-педагогический опыт.
Наконец, в 1893 году по рекомендации Чайковского Ипполитова-Иванова приглашают в Москву на должность профессора музыкально-теоретических дисциплин и композиции Московской консерватории. Спустя годы он еще несколько раз вернется в Тифлис для решения организационных задач Тифлисской консерватории, и, надо отдать должное, деятели грузинской музыкальной культуры сохранят о нем добрую память, может быть, даже более бережно, чем их российские коллеги. Его до сих пор чтят как одного из основателей собственной музыкально-педагогической школы Грузии.
И все же основная часть дальнейшей жизни композитора связана с Москвой. Скоропостижная смерть Чайковского в октябре 1893 года возлагает на Ипполитова-Иванова негласные моральные обязательства продолжать его традиции. В Москве композитор совмещает собственно творчество, преподавание в консерватории и работу в должности дирижера капеллы Русского хорового общества, которую он занимал в период 1895–1901 годов, а также дирижирует концертами московского отделения ИРМО и преподает в Синодальном училище церковного пения.
К периоду 1900–1915 годов относятся лучшие хоровые произведения Ипполитова-Иванова, которые еще в большей мере, чем оркестровые, следуют музыкальной традиции Чайковского, в том числе получившая широкую известность Литургия Святого Иоанна Златоуста (1904) и другие духовные хоры. Литургию самого Чайковского, как мы помним, современники приняли далеко не сразу, она была под запретом для исполнения в храмах до самой смерти композитора. И вообще к тому, что «светский» композитор пишет для церковной службы, общественность привыкала очень медленно. К временам Ипполитова-Иванова это уже не было новаторством, поэтому он смело взялся за канонические тексты и, как и во всем остальном, достиг отличных результатов за счет старательной гармонизации и врожденного чувства мелодии. Композитор умышленно постарался сделать некоторые песнопения простыми, доступными для исполнения провинциальными и даже сельскими хорами.
В своих духовных хоровых сочинениях Ипполитов-Иванов, с одной стороны, руководствуется принципами, характерными для всей традиционной русской хоровой композиторской школы: его произведениям свойственна четкость линий, простота и, если можно так выразиться, эргономичность голосоведения, позволяющая певцам любой партии чувствовать свой текст как мелодию с собственным смыслом. Не чужды композитору и определенные новации, свежие и нешаблонные гармонии, которые еще дальше, чем произведения Чайковского, отводили духовное сочинение от чисто церковной музыки и придавали, ему высокохудожественное, слишком светское, по тогдашним меркам, звучание. Светлая, легкая, чаще мажорная музыка резко отличает сочинения Ипполитова-Иванова от тоскливо-депрессивных духовных опытов сочинений его современников, что не всегда поддерживалось церковными деятелями. Но это, безусловно, до сегодняшнего дня находит отклик в душе слушателя, в том числе при концертном исполнении. К слову сказать, композитор написал немало и светской хоровой музыки, не только миниатюр, но и произведений более крупной формы.
Тем временем девятнадцатый век подходил к концу, и на политическом небосклоне понемногу собираются тучи. В мае 1896 года состоялась коронация Николая II, по случаю которой Ипполитов-Иванов написал свою «Коронационную кантату».