Именно сотрудничество с частными театрами побудило Ипполитова-Иванова вновь взяться за создание собственных опер. Кроме того, он широко использовал возможности частного театра для «реанимации» тех опер своих учителей, которые не имели должного успеха в императорских театрах. К их числу следует отнести оперы Чайковского «Чародейка», «Мазепа» и «Черевички». Также именно им были осуществлены мировые премьеры «Кащея Бессмертного», «Сказки о царе Салтане» (с декорациями М. А. Врубеля) и «Царской невесты» Римского-Корсакова.
Революция 1905 года многое перевернула в российском укладе, вихри перемен не обошли стороной и Московскую консерваторию. На волне демократических веяний состоялись первые выборы ректора. Вместо прежнего ректора В. И. Сафонова, человека эффективного, но властного, жесткого и конфликтного, общественность, определенно, должна была выбрать либерала. Добросовестный, воспитанный, не идущий на конфронтацию с коллегами и пытающийся в любом увидеть хорошее Ипполитов-Иванов как нельзя лучше подходил на эту роль. Избранный в 1906 году в угоду политической конъюнктуре, он на этом посту закрепился и проработал более полутора десятков лет, проявив неординарные организаторские и административные способности.
Руководящая работа, хотя и существенно ограничивает Ипполитова-Иванова во времени, тем не менее, не заставляет его прекратить композиторскую деятельность, и в 1907 году выходит его единственная симфония. Кроме того, обширные административные возможности позволяют реализовывать ранее невиданные по масштабам проекты. В частности, Ипполитов-Иванов организует первое исполнение в России 9 марта 1913 года «Страстей по Матфею» И. С. Баха сводным хором Русского хорового общества.
В 1910 году появилась следующая опера «Измена», в которой Ипполитов-Иванов обращается к жанру исторической драмы.
Автор либретто А. И. Сумбатов (Южин) — потомок кавказских князей, друг Чехова, сам не только драматург, но и талантливый актер и, в целом, весьма значимый для своего времени театральный деятель — первоначально написал свою историческую трагедию «Измена» или «Перевалы Кавказа» (1903 г.) как пьесу для драматического театра. Главная роль Зейнаб писалась для самой великой Марии Николаевны Ермоловой. Но, несмотря на успех у зрителей, критикам пьеса не понравилась, они усмотрели в ней «не высокое литературное достоинство» и лишь «канву» для актерских интерпретаций. В итоге ее преобразовали в оперное либретто.
Действие оперы происходит в XVI веке в Грузии, в эпоху завоевания ее персами. В Грузии правит наместник шаха — жестокий Солейман-хан. Двадцать лет назад он захватил не только власть, но и жену убитого им последнего царя Грузии Теймураза — Зейнаб. Она мечтает о мести, и роль мстителя возлагает на своего сына Эрекле, воспитанного в крестьянской семье вдали от двора наместника. — Однако самого Эрекле больше волнует любовная страсть к прекрасной рабыне Рукайе, ради которой он предает заговорщиков. И только в последний момент он вспоминает о патриотическом долге и, раскаявшись, смертью искупает предательство. Победа над Солейманом не искупает горя Зейнаб, которая закалывается над трупом сына.
Как и оперу «Азра», «Измену» можно отнести к ряду условно восточных произведений Ипполитова-Иванова, но это уже более серьезная попытка создать историческую музыкальную драму, в которой немалое место занимает хор, включены масштабные балетные номера. Самый известный номер оперы — ария Эрекле, весьма полюбившаяся лирическим тенорам начала XX века — также перешла впоследствии в концертный репертуар.
«Оле из Нордланда», поставленная в 1916 году в Большом театре, — последняя опера, которую композитор успел создать до революции. В основе либретто — повесть норвежского автора М. Иерсена о жизни северных рыбаков, главная сюжетная линия — трагическое любовное противостояние бедного рыбака и богатого трактирщика. В основном, опера дошла до репертуара современных певцов в виде концертных фрагментов арий и ансамблей главных героев.
Он продолжает работу и в камерном жанре. Создается немало произведений для камерного ансамбля, как лирических романсов общепринятой стилистики, так и достаточно нетрадиционных по инструментальному составу, например необычные сочетания арф, духовых инструментов и вокальных партий.