Софья Николаевна сотрудничала с несколькими изданиями: «Артист», «Осколки», «Правда» (1904); «Вестник Европы» (1906); «Русская мысль» (1911) «Русское слово» (1913). и др. Она написала около трех десятков книг, адресованных прежде всего детям и юношеству, которые были изданы при жизни писательницы: «Зариаб. Повесть из жизни арабов в IX веке» (1895); «Наш Митя: Рассказ» (1898); «В.Г. Белинский. Очерк» (1898); «Художник А.А. Иванов» (1899); «Радушное и другие рассказы» (1900); «Сказание о трех лилиях, двух лягушках и змее с золотою короною» (1903; 1911); «Железные дороги и Д. Стивенсон» (1903); «Горе Селима. Рассказ» (1903); «Н.В. Гоголь. Биографический очерк» (1904); «Павлиний глаз. Рассказ» (1904); «Фред.
Рассказ» (1904); «Жизнь Диккенса, рассказанная детям» (1904; 1912); «История Мурочки: Повесть» (1907); «Сказание об алом цветке: Драма» (1909); «Вечерние сказки» (1909); «И.С. Тургенев. Его жизнь и труды» (1910); «Родные и чужие были» (1912); «Из жизни наших писателей» (1913); «Певец-изгнанник. Исторический роман» (1913); «Русские писатели – апостолы свободы» (1917); «Лирика молодого Тургенева» (1926) и др.
После смерти писательницы были опубликованы ее воспоминания о Л.Н. Толстом, с которым она была лично знакома, «Вечер у Толстого» (1939).
В последние годы были изданы рукописи ее книг, сохранившиеся в московских архивах: «Мемуары. Письма. Переводы. Стихотворения» (2017), «Крымские записки: 1916 – 1921» (2018).
Перу С.Н. Шиль принадлежат не только произведения в прозе, стихи, но и переводы на русский язык произведений Г. фон Гофмансталя, Э. Карпентера, О. Уайльда, С. Лагерлеф, Новалиса, Д.Г. Росетти, П. Верлена, М. Метерлинка, А. де Мюссе, В. Ридберга и Р.М. Рильке. С последним она была лично знакома и состояла в переписке.
Увлечение в молодые годы фольклором открыло в Софье Николаевне талант собирателя-фольклориста. Летом 1916 года она собрала богатейший фольклорный материал в селе Миленине Курской губернии Фатежского уезда, и подготовила к публикации сборник песен, снабдив его предисловием, описанием особенностей местного говора и подробными указателями. Несмотря на то, что известный этнограф и фольклорист Н.А. Янчук, ознакомившись с этим материалом, посоветовал «напечатать его при первой возможности в виду ценности записанного материала» (РГАЛИ, ф. 444, оп. 1, ед. хр. 999, л. 15), опубликован этот сборник в то время не был, а был утерян, затем восстановлен и переписан заново, но по ряду причин не издан.
Из-за болезни Софьи Николаевне пришлось несколько лет провести в Крыму (сентябрь 1916 – июнь 1921), где она, серьезно больная и почти ослепшая, старалась зарабатывать на жизнь чтением лекций, организацией студий и кружков, переписыванием бумаг, выполняя обязанности делопроизводителя, и даже и изготовлением самодельных тряпичных кукол, бумажных цветов и продажей их на рынке. В Крыму Софья Николаевна пережила смену девяти правительств, постоянную борьбу со страшным голодом, глубокое одиночество, оторванность от родных и близких, страх и безнадежность существования. Там она написала свою последнюю книгу, лирические картины «Сердце отчизны». Рукопись этой книги в сентябре 1924 года она передала через норвежского посла в Москве профессору Университета Осло Олафу Броку, с которым была знакома с 1914 года, и состояла в переписке. Эта рукопись была отыскана в архиве норвежского профессора в августе 2016 года и подготовлена к изданию (2020).
Из Крыма София Николаевна вернулась в июне 1921 в Москву, где был такой же страшный голод, работу найти было тоже трудно, никаких сбережений не осталось, все имущественные и фамильные ценности отобрала новая власть. Единственным средством к существованию был гонорар за публикации, и большая надежда возлагалась на публикацию фольклорного сборника. Софья Николаевна приложила немало усилий, чтобы опубликовать свой фольклорный труд, но несмотря на все ее старания, сборник «Песни села Миленина» при ее жизни так и остался неизданным. Публикация рукописи сборника «Песни села Миленина Курской губернии Фатежского уезда. Записаны летом 1916 года» была осуществлена только в 2019 году.
Через несколько месяцев после возвращения в Москву, в конце 1921 года, С.Н. Шиль создала литературно-художественный кружок «Камена», но он просуществовал недолго.
Последние годы жизни Софья Николаевна провела на больничной койке в Москве, разбитая тяжелым недугом и лишенная каких бы то ни было средств к существованию.
Умерла С.Н. Шиль 18 июня 1928 года, похоронена в Москве на Новодевичьем кладбище.