Прокофьев тоже привнёс в музыку к фильму полемику с теми, кто оставался на Западе. Части, написанные для иллюстрации ливонского натиска, сочинены в манере, стилизующей «Симфонию псалмов» Стравинского. Количество стравинскианской музыки увеличено в кантатной версии, и там она достигает подлинно трагедийного звучания. А механизированный, машинный ритм эпизода ливонской атаки, вроде бы родственный «локомотивной» и «заводской» музыке, сочинявшейся в 1920-е годы Онеггером, Мосоловым и другими композиторами, даже порой самим Прокофьевым (фабрика в «Стальном скоке»), на самом деле близок к ритмическому рисунку начала «Симфонии псалмов». Интересно, что чисто музыкально гибель рыцарей на льду озера решена в фильме и в кантате по-разному: в фильме рыцари погружаются под ломающийся лёд под краткий дивертисмент для одних ударных, завершающийся, когда плащи последних рыцарей уходят под воду, издевательским глиссандо медных духовых; в кантате же концу Ледового побоища соответствует общая кульминация, когда неоклассическая музыка исполняется всем оркестром. Трудно не увидеть в этом прямого — через разделяющие их границы — призыва к Стравинскому, столь высоко ценимому старшему коллеге, отвернуться от губительной реставраторской «культурности» и вернуться к национальным истокам своего творчества. Прокофьев пребывал в убеждении, открыто высказанном им 4 декабря 1939 года перед советскими писателями и композиторами, что возвращение на родину Стравинского привело бы к благотворному перелому в его творчестве: «Если бы Стравинский с его способностью выдумывать был бы в нашей родной стране, то он создал бы большие произведения».
Русским же по окраске мелосом отмечены в музыке к кинофильму оперный по духу, словно из середины XIX столетия пришедший хор-призыв к оружию «Вставайте, люди русские!», залихватско-потешно-гротесковые по окраске эпизоды новгородской контратаки и скорбная песня-плач о павших воинах. В начале 1946 года Прокофьев получил письмо от Дукельского, в котором последний признавался, что «кантатная версия впечатляет в десять раз больше, чем музыка самого фильма». Это, несомненно, так, но задачи в двух версиях Прокофьев ставил перед собой разные. В музыкальном сопровождении к фильму верх брали так называемый «вертикальный монтаж» (к нему мы ещё вернёмся) — совместное с Эйзенштейном изобретение — и экспериментирование с инструментальными звучностями и со звукозаписью, а в кантате он стремился прояснить, довести до музыкально-логического конца то, что было только эскизно намечено в экспериментально-студийной работе.
С самого начала, изучив материал «католических песнопений XIII века» и архаический северорусский фольклор, Прокофьев отказался от включения этой музыки в партитуру: «…представлялось более «выгодным» дать её не в том виде, в каком она действительно звучала во времена Ледового побоища, а в том, в каком мы сейчас её воображаем». Словом, «тевтонская» и «русская» музыка в фильме имели такое же отношение к подлинной средневековой рыцарской музыке и ко псковско-новгородским песням XIII века, какое «варварская» и ультрасовременная «Скифская сюита» имела к подлинной, но, увы, не известной нам музыке иранских кочевых племён, некогда живших на степных равнинах Дуная, Днестра, Днепра и Дона.