Именно совместное с Сергеем Прокофьевым экспериментирование по синхронизации музыкального и экранного развития привело Эйзенштейна к концепции «вертикального монтажа». Режиссёр определял его как «звукозрительную партитуру», в которой связь между «зрительными» и «звуковыми» линиями аналогична вертикальной «музыкальной взаимосвязи элементов оркестра между собой в каждую данную единицу времени», и таким образом представляет собой кинематографический аналог «оркестровой партитуры», а в чисто практическом плане — ситуацию, когда «у музыкальной партитуры как бы прибавляется ещё одна строка. Это строка последовательно переходящих друг в друга зрительных кадров, которые пластически по-своему соответствуют движению музыки и наоборот». Таким образом «Александр Невский» приобретал черты оперно-ораториального представления — черты, которые в ещё большей степени будут присущи другой совместной киноработе Прокофьева и Эйзенштейна — первой и второй сериям фильма «Иван Грозный».
О том, насколько композитор ценил свою первую работу с Эйзенштейном, свидетельствует и то, что не Павел Ламм, а сам Прокофьев перебелил всю партитуру предназначавшейся для фильма музыки. В письмах же к Алперс он называл Эйзенштейна «безусловно нашим лучшим режиссёром» и прибавлял к этому: «…Эйзенштейн великолепен и работать с ним одно удовольствие». Прокофьев и Эйзенштейн едва успели записать черновой вариант звуковой дорожки к «Невскому», как не доведённый до конца фильм был — втайне от Эйзенштейна — показан Сталину. О «неудаче» Эйзенштейна с «Бежиным лугом» было широко известно; второй «ошибки» никто из руководителей советской киноиндустрии допустить не смел. Сталин, как известно, страдал бессонницей и не спал до раннего утра. Эйзенштейн, преспокойно уснувший в монтажной, и знать не знал, что в это самое время диктатор смотрит черновой вариант его фильма. «Александр Невский» Сталину понравился — это было как раз то, чего он желал. Эйзенштейн потом неоднократно просил дать ему возможность доредактировать фильм, включить в него ту часть, что, недомонтированная, лежала на его рабочем столе, когда весь остальной фильм был увезён на просмотр, перезаписать звуковую дорожку, наконец, но второй раз беспокоить Сталина по поводу одобрения нового варианта «Невского» никто не решался. Фильм так и вышел на экраны: с как бы дефективной звуковой дорожкой; именно в таком виде он шёл во Франции, в США и даже в нацистской Германии (где Геббельс, как мы знаем, внимательно следил за творчеством Эйзенштейна). Именно за эту, предокончательную, редакцию фильма Эйзенштейн и исполнитель роли Александра Невского Николай Черкасов были награждены в феврале 1939 года орденами Ленина. А режиссёр был ещё и назначен художественным руководителем киностудии «Мосфильм». Композитор, в конце концов, нашёл выход из положения — он переделал некачественно записанную музыку в кантату. Музыка к «Александру Невскому» сделала имя Прокофьева известным большинству жителей Советского Союза. О такой всенародной славе могли только мечтать и замкнувшийся в неоклассицизме старший коллега Игорь Стравинский, и даже успешно работавший на Бродвее и в Голливуде и потому известный миллионам американцев как «Вернон Дюк» Владимир Дукельский.
Но неожиданно, уже после премьеры кантаты — 17 мая 1939 года, под управлением автора — возникли новые, прямо скажем, геополитические затруднения, которые могли легко похоронить и эту партитуру. Между СССР и германским рейхом был заключён Пакт о ненападении, вся антинемецкая пропаганда прекращена, «Александр Невский» снят
«Главрепертком т. Бурмистренко, ознакомившись с кантатой «Александр Невский», разрешил её к исполнению, и она пойдёт в Московской Филармонии 20 ноября с. г. (С т. Бурмистренко беседовали Книппер и я.)