После воссоздания образов тевтонской и русской средневековой музыки, на очереди, как вспоминал Прокофьев, встало «звуковое воплощение её. Несмотря на огромные и всё продолжающиеся успехи звукозаписи, последняя ещё не достигла полного совершенства и присутствие некоторых хрипов и искажений можно открыть даже в самом лучшем микрофоне, не говоря уже о второсортных. Явилась мысль, нельзя ли использовать отрицательные стороны микрофона так, чтобы извлечь из них своеобразные эффекты. Например: известно, что сильная струя звука, направленная при записи прямо в микрофон, ранит плёнку, наносит на неё травму, производящую при исполнении неприятный треск. Но так как звук тевтонских труб был, несомненно, неприятен для русского уха, то я заставил играть эти фанфары прямо в микрофон, что и дало любопытный драматический эффект. Микрофонную запись можно использовать и с других точек зрения. Так, известно, что в оркестре есть мощные инструменты, например тромбон, и более слабые, скажем, фагот. Но если мы посадим фагот у самого микрофона, а тромбон в 20 метрах от него, то получится огромный, сильный фагот и на фоне его — крошечный, еле слышный тромбон. Это даёт целое поприще для «перевёрнутой» оркестровки, не мыслимой в пьесах для симфонического исполнения. Ещё пример: в одну студию мы помещали трубачей, в другую хор, которые исполняли свои партии одновременно. Из каждой студии шёл провод в будку, где проводилась запись и где простым поворотом рычага мы могли усилить или ослабить ту или другую группу, в зависимости от требований драматического действия. Записывали мы и на три микрофона, что требовало огромного искусства у смешивавшего («микшировавшего») все три струи. В этом отношении Б. Вольский, сидевший у рычагов, был неподражаем». То, что с восторгом описывает Прокофьев, представляется ныне азами, но и в конце 1930-х годов это было далеко не пределом возможного. Так, целых девять одновременных звуковых «струй» использовались Стоковским, добрым знакомым Прокофьева, при записи на студиях RCA на микрофоны лучшего качества, чем мосфильмовские, симфонической музыки для «Ученика чародея» Уолта Диснея.
Новые детали о совместной работе режиссёра и композитора над звуковой дорожкой «Александра Невского» находим в статье Эйзенштейна «Вертикальный монтаж» (1940): «Есть сцены, где изображение смонтировано по заранее записанной музыкальной фонограмме. Есть сцены, где музыка написана целиком по совершенно законченному зрительному монтажу. Есть сцены любых промежуточных случаев. Есть, наконец, и почти анекдотические случаи, как, например, сцена со «свиристелками» — дудками и бубнами русских войск: я никак не мог детально объяснить С. С. Прокофьеву, чего именно в звуках я желал бы «видеть» в этой области. Тогда, озлясь, я заказал соответствующий бутафорский (беззвучный) набор инструментов, заставил актёров
Так было и со звуками рыцарских рогов. Совершенно так же в ряде случаев готовые куски музыки иногда толкали на пластически образные разрешения, ни им, ни мною заранее не предусмотренные. Многие из них настолько совпали по объединяющему их «внутреннему звучанию», что кажутся сейчас наиболее «заранее предусмотренными» (например, сцена прощания и объятий Васьки и Гаврилы Олексича, совершенно неожиданно положенная на музыку сложной темы скачущих рыцарей и т. д.).
Всё это приводится здесь для того, чтобы подтвердить тот факт, что излагаемая «методика» проверена на фильме «вдоль и поперёк», то есть через все возможности и оттенки».
Режиссёр также брал композитора на съёмки. 13 июля, удалившись в середине работы над «Невским» в горы Северного Кавказа, где он рассчитывал целиком сосредоточиться на музыке, Прокофьев поделился впечатлениями от увиденного с Верой Алперс: «Половину фильма занимает Ледовое побоище, которое снимается летом, делая ледовое поле из крашенного в белое асфальта, стекла и белого песку (снежок); выходит здорово, я был несколько раз на съёмках, только лошади плохо себя ведут и приходится постоянно чистить «лёд».