Для начала Катаев заявил Прокофьеву, что необходимо будет сделать оперу «в стиле «Кармен» или Верди, что-нибудь, что можно исполнять повсюду», затем произвёл, под жёстким нажимом композитора, аж четырёхактное прозаическое либретто, которое, как он надеялся, будет положено на красивую, певучую музыку. (А и вправду: почему не в духе «Аиды» или «Кармен»? Не важно, что Прокофьев писал совсем иначе — его музыки Катаев толком не знал, да и не очень интересовался; ведь главным был он, а не какой-то там бывший русский парижанин.) Либреттист частенько не поспевал к сроку с кусками текста оперы (ведь он был «великий писатель» и торопиться ему было некуда!), и Прокофьев вынужден был набрасывать музыку ещё до того, как получал слова той или иной сцены от либреттиста. «Он постоянно тормошил меня, — вспоминал Катаев. — Если требовалось написать действие или сцену, он настойчиво требовал: «Передайте же её мне, в конце концов: чем вы заняты? Вы меня только раздражаете». Катаев, кажется, просто не понимал, что от него требовалось, и пребывал в убеждении, что может с равной лёгкостью писать что угодно. Дух бессмертного «сына турецкоподданного» витал над их совместной с Прокофьевым работой. Хорошо, что в данном случае речь шла о либретто оперы, а не о проекте космического моста между Москвой и Басюками.
«Либретто Валентина Катаева, легшее в основу «Семёна Котко», — писал в 1940 году, под впечатлением от живого исполнения оперы, Израиль Нестьев, — скорее напоминает обычную драматическую пьесу, нежели специальный текст, предназначенный для музыкального спектакля. Как пьеса, оно достаточно драматично, отличается верной расстановкой контрастов, скупым и логичным развитием действия (особенно — в первых трёх актах), выпуклой характеристикой действующих лиц. Чётко намечены линии драматического «сквозного» действия… <…>
Герои Катаева разговаривают на очень колоритном и специфичном русско-украинском жаргоне. Это придаёт им большую жанровую определённость и живость. Впрочем, временами чрезмерное увлечение либреттиста натуралистически подчёркнутыми провинциализмами, — особенно в сочетании с лирической музыкой, — неприятно режет слух. Возникает непримиримое противоречие между спецификой оперной музыки, раскрывающей в приподнятом, обобщённом плане большие чувства героев, — и колористическим своеобразием текста, изобилующего забавными словечками, смешными, тонко подмеченными выражениями. Очевидно, в этом повинны и либреттист и композитор.
Однако, слушая оперу «Семён Котко», мы ясно ощущаем, что главным создателем произведения является сам композитор, властно подчиняющий себе и либреттиста, и режиссёра, и певцов».
Попеняв Прокофьеву на недостаточную строгость к Катаеву, хотя, как мы видим из воспоминаний Катаева, Прокофьев как раз и был с ним строг, но именно до того предела, до которого возможно было сотрудничество, Нестьев всё-таки признаёт, что в первой советской опере Прокофьева главное — это музыкальное построение, сродни тому, что встречается в прежних его операх. И действительно,
Следует также отметить, что под влиянием эйзенштейновского монтажа опера была разбита Прокофьевым на 48 сцен — кадров, каждый из которых обладал при этом сквозной соотнесённостью с остальными сценами. Влияние поэтики кино в «Семёне Котко» было ещё очевиднее, чем в «Игроке».