Акт II. Картина 5-я. Палата в госпитале. Ночь. На койках Алексей, Комиссар, Кукушкин, Гвоздев. Дежурит медсестра Клавдия — сцена трансформации, инициации, рождения героя к новой жизни. В архаических культурах инициация связана с увечьем. Сцена включает послеоперационный бред и видения под действием анестезии (разговор с матерью, с Ольгой, с однополчанами) в тот момент, когда Алексею уже ампутировали ноги. Поражает экспрессия явно автобиографического характера: Прокофьев припоминал балансирование на грани жизни и смерти, сознание, затягиваемое в воронку несуществования после мозгового удара в феврале 1945 года. «Зелёная рощица, что ж ты не цветёшь? Молодой соловьюшек, ох, что ж ты не поёшь?» — одна из самых берущих за душу обработок русских народных песен, сделанных Прокофьевым, включена в сцену послеоперационных видений Алексея; её поёт медсестра Клавдия, а звучит она совершенно как плач матери-земли. Земля, земляное вообще господствуют в этой сцене. Баллада Комиссара — о движении сквозь зону смерти, сквозь среднеазиатские пески во время Гражданской войны, о пении, спасшем спешившийся конный отряд от погибели при движении, — своеобразное утешение «могучему человеку» Алексею, и строится она на теме второго антракта (из первого действия оперы). Тот комиссар, что первым запел, спасая бойцов, напоминая им об орфической силе музыки, способной выводить из ада, после лишился голоса («На что ему голос? Он же не Лемешев» — лёгкий укол в либретто по адресу советского тенора, культ которого не мог не смешить композитора); теперь этот безголосый комиссар — профессор-археолог. Вообще присутствие зла, смерти, сатанинского начала очень заметно и в музыке, и в тексте либретто. Комиссар, страдающий от неизлечимого ранения, обещает одной из медсестёр, что, побывав на том свете, вернётся обратно с тем средством, которым черти выводят веснушки. Ближе к концу сцены Комиссар — в напоминание о вечной, неуничтожимой России — начинает разговор о русском лётчике, поручике Карповиче, летавшем на «Фармане» без ступни в Первую мировую войну. Музыка становится возвышенно-просветлённой, достигая почти физического ощущения преображения; тематический материал дуэта-диалога Воробьёва и Алексея взят из хора «Вырос в Плавнях дубок молодой». На возражения Алексея, что теперь летать неизмеримо сложнее, находящийся с ним в одной палате Комиссар отвечает: «Но ведь ты же советский человек». Алексей, подумав, повторяет: «Но ведь я же советский человек!»
Это во всех смыслах точка наивысшего эмоционального напряжения. Смерть отходит в тень, и возникает надежда на подъём в бессмертие. Алексей стоит на пороге превращения в полноценного, нового, советского человека, поднимающегося над собой прежним и над всем, что знала о человеке антропология: в сущности, на пороге превращения в сверхчеловека.
Именно в этот кульминационный момент сочинения оперы Прокофьева вызвали на совещание в ЦК ВКП(б).