Этого, в частности, требовал в личных телеграммах руководителям советской делегации Сталин. С другой стороны, в материалах процесса было много документов, в которых германские руководители, военное командование и разведка давали нелицеприятную характеристику отдельным народностям СССР, оценивая их высокий «коллаборационистский потенциал».
Эти документы касались антисоветских и антирусских настроений больших групп населения Украины, Северного Кавказа и крымских татар… Их публикация противоречила бы созданию картины «нерушимого единства семьи советских народов», которые все «как один человек выступили на борьбу с немецко-фашистскими захватчиками»…
После завершения Нюрнбергского процесса Руденко продолжал руководить органами прокуратуры Украинской ССР. Это был непростой период, когда после смерти Сталина в политике начались настоящие тайные и явные войны с жертвами и непредсказуемыми последствиями. И во всем этом участвовал Руденко.
Около 13 часов 26 июня 1953 года на заседании Президиума ЦК КПСС группой военных был арестован первый заместитель председателя Совета Министров СССР и министр внутренних дел СССР Лаврентий Берия.
Хрущев вспоминает: «Тут же мы решили назавтра или послезавтра, так скоро, как это было технически возможно, созвать пленум ЦК, где и поставить вопрос о Берия. Одновременно было решено освободить Генерального прокурора СССР, потому что он не вызывал у нас доверия и мы сомневались, что он может объективно провести следствие. Новым Генеральным прокурором утвердили товарища Руденко и поручили ему провести следствие по делу Берия».
Для безграмотного Хрущева всё было просто: решили убрать Берию, ненадежного Генпрокурора сняли, а Руденко назначили. Руденко был вызван в Москву в понедельник, 29 июня 1953 года, и в его командировочном удостоверении № 357, подписанном заместителем прокурора УССР Смоленским, значилось, что срок командировки — 7 дней. Для него это была «служебная командировка» в Москву на 7 дней, которая растянулась на 27 лет!
После смерти Сталина прошла летняя 1953 года амнистия. Она затронула незначительное от общего числа количество заключенных, преимущественно уголовных, а не политических. По многим лагерям прокатились серьезные волнения. При подавлении Воркутинского восстания Руденко проявил себя как очень жесткий прокурор. Масштаб волнений был значительным, они охватили несколько лагерей. Власти опасались, что конфликт перерастет в восстания, которые перекинутся по всей стране.
Взбунтовавшаяся зона требовала встречи с Генпрокурором. Руденко, прибывший для «выяснения и решения вопроса», вышел «на разговор» к возбужденному строю заключенных. Один из организаторов забастовки, польский активист Игнатович, выступил с требованиями о серьезных изменениях лагерного режима и немедленном пересмотре дел политзаключенных.
Умелый и пылкий оратор, он периодически обращался к стоявшим неподалеку товарищам, распаляя их настроения. Когда он вплотную подошел к Руденко, громко восклицая: «Так мы требуем ответа! Где ответ на наши требования?!» — в ответ прозвучали выстрелы. Руденко застрелил его, и толпа растерялась. Большинство опешили, но кто-то бросился в сторону охранников, чтобы завладеть оружием. Для лагерной охраны выстрелы прозвучали как сигнал, и охрана открыла огонь по безоружным заключенным из пулеметов и автоматов.
Согласно официальным данным МВД СССР, 1 августа погибли 53 человека, раны различной степени тяжести получили 135 бастующих, остальные разбежались. Фактически Руденко спровоцировал кровавую бойню, однако никакой ответственности за этот инцидент он не понес. Восстания в ряде других лагерей тоже были подавлены с применением бронетехники.
30 июня 1953 года Руденко был назначен Генеральным прокурором СССР и занимал эту должность больше всех прокуроров царской России и СССР — 27 лет, вплоть до своей смерти. Одновременно он являлся депутатом Верховного Совета СССР и членом ЦК КПСС.
В 1953 году он возглавлял следственную группу по делу Берии и его приспешников: Меркулова, Кобулова, Гоглидзе, Мешика, Деканозова, Влодзимирского — вместе со следователями Прокуратуры СССР и Главной военной прокуратуры СССР Преображенским, Китаевым, Цареградским и другими.
После 1953 года принимал активное участие в реабилитации и оправдании жертв политических репрессий. Руденко вместе с Г.К. Жуковым и К.П. Горшениным был инициатором постановления ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 29 июня 1956 года «Об устранении последствий грубых нарушений законности в отношении бывших военнопленных и членов их семей».
14—19 декабря 1954 года Руденко участвовал в Ленинграде в судебном процессе по делу Абакумова, Леонова, Комарова, Лихачёва, Чернова и Бровермана. В сентябре 1955 года в Тбилиси он вел судебный процесс по делу Рапавы, Рухадзе, Церетели, Савицкого, Кримяна, Хазана, Надарая и Парамонова, также занимавшихся фальсификацией материалов уголовных дел и истязанием заключённых.