В 1959 году, под впечатлениями от поездки в США, Хрущев вбросил на обсуждение идею, не оснастить ли милицию дубинками. Руденко высказался против, согласившись с мнением Ворошилова, что дубинка является атрибутом буржуазно-помещичьего режима.
Он высказал опасение, что культура и сознательность милиции не везде еще находятся на высоком уровне, а дубинка будет провоцировать милиционера на более грубое поведение, причем против хулигана он еще, может, и побоится дубинку в ход пустить, а вот какую-нибудь бабку, торгующую семечками или не в том месте дорогу перебежавшую, вполне огреть по спине палкой сможет. Хрущев с их мнением согласился и не стал развивать свою инициативу.
Руденко пришлось допрашивать поэта Бориса Пастернака, обвинять американского летчика-шпиона Фрэнсиса Гэри Пауэрса и вести процесс по обвинению в шпионаже изменника Родины Пеньковского.
На процессе по делу Пауэрса Руденко выступал обвинителем, хотя по статусу это была не его прерогатива. Но тут сказалась позиция Хрущева. Когда Руденко докладывал ЦК о результатах следствия по делу летчика-шпиона, Хрущев, которого сам факт систематических пролетов американских разведывательных самолетов над СССР приводил в неописуемую ярость, потребовал Пауэрса повесить. Ответ Руденко был прост и тверд: такого закона у нас нет, и вешать Пауэрса нельзя.
В ответ Никита Сергеевич разразился бранью, возмущаясь, что Генпрокурор «вечно прячется за законами, ничего не хочет делать, не пойми чьи интересы защищает» и что надо принять соответствующий закон и повесить Пауэрса на Красной площади. Дождавшийся затишья в эмоциональном всплеске Хрущева Руденко сумел убедить его, что американец ведет себя разумно, сотрудничает со следствием и публичный процесс над ним показал бы суть и размах агрессивной политики США.
Хрущев согласился, но поставил условие: «Тогда ты сам и будешь выступать на этом процессе». Суд состоялся в Колонном зале Дома Союзов. На него приехали родители Пауэрса. Американца приговорили к 10 годам заключения, однако полтора года спустя, в 1962‐м, его обменяли на мосту Глинике-брюке на советского разведчика-нелегала Рудольфа Абеля (Оскара Фишера).
Роман Андреевич был человеком очень принципиальным. Это стало причиной серьезного конфликта с Хрущевым по поводу «дела Рокотова» и его подельников — Файбышенко и Яковлева, занимавшихся валютными махинациями. Рокотов в советское время путем мошенничества стал долларовым миллионером и был приговорен к 15 годам лишения свободы, что не устраивало Хрущева, который потребовал расстрела валютчиков, несмотря на то что в то время закон не предусматривал смертной казни за такие преступления.
Позиция Руденко была твердой: есть закон, и государство должно действовать строго в рамках закона. Долго считалось, что Руденко спасовал перед Хрущевым. Но в черновых протоколах заседаний Президиума ЦК КПСС застенографирован диалог, где Хрущев обвиняет Руденко в том, что тот отказывается слушать указания ЦК, «проводит неизвестно чью линию» и посылает его к «чертовой матери», «защищает интересы мошенников и жуликов».
После этого Руденко длительное время с Хрущевым не общался и ожидал отставки. К этому он готовил и семью. Однако вскоре Хрущев похвалил его за принципиальность и поставил всем в пример. Но итоге настоял, чтобы был подготовлен указ Президиума Верховного Совета СССР, предусматривающий за незаконные валютные операции в качестве наказания смертную казнь, с приданием указу обратной силы. Рокотов и двое его подручных всё равно были расстреляны.
В 1970‐х годах совместно с председателем КГБ Андроповым и зампредом Бобковым Руденко готовил для Политбюро документы для преследования антисоветчиков и диссидентов. В 1972 году за выдающиеся достижения в деле укрепления правопорядка, социалистической законности ему было присвоено звание Героя Социалистического Труда.
Один из братьев Руденко — Петр Андреевич — работал в системе МВД, а Антон Андреевич был заместителем прокурора Львовской области. Но Роман Андреевич дистанцировался от них и делал всё, чтобы работа и родственные связи не влияли друг на друга. Их отношения были дружескими и их семьи иногда собирались в гостях у Романа Андреевича в квартире на улице Грановского или на даче в Малаховке, а позднее — в Ильинском.
Семья Руденко жила довольно скромно, обстановка и еда были обыкновенными, без изысков. Хотя дача в Ильинском по протоколу была внушительной — девять комнат плюс флигель для обслуживающего персонала.
К Руденко с уважением относился Брежнев. После отстранения Хрущева от власти на ключевые посты в государстве он назначал «своих людей», но снять с должности Романа Андреевича не решился. Хотя в «ближнем кругу» при Брежневе Руденко не закрепился. Произошло это вовсе не по политическим причинам.
Во время одной из поездок по стране, которые Брежнев до того, как превратился в немощного старика, совершал довольно часто, Руденко его сопровождал. Во время заседаний партактива Молдавской ССР Леониду Ильичу, отличавшемуся изрядным жизнелюбием, приглянулась красивая женщина-прокурор.