В 1888 году алтари приделов были вынесены вперед, в линию с главным. До нашего времени на южной стене трапезной над свечным ящиком сохранилась сообщающая об этой перестройке памятная мраморная доска: «По благословению Его Преосвященства Иоанникия митрополита Московского и Коломенского положено основание приделов во имя Пророка, Предтечи и Крестителя Христова Иоанна и во имя святителя Николая Мирликийского Чудотворца в присутствии местного о. благочинного и настоятелей храма протоиерея Федора Гавриловича Беляева и священника Василия Петровича Флерина при церковном старосте Московском купце Егоре Максимовиче Козлове и при членах, строителях храма Дмитрии Егоровиче Удальцове и Иване Ивановиче Безбородове 1888 года мая 22 дня». При этой перестройке боковые приделы были выдвинуты в ряд с главным и застроена с боков колокольня – здание приобрело тот вид, который имеет сейчас.
Прошение священника Знаменской, что в Ямской Переславской слободе церкви к епископу Леониду. ЦИАМ. Ф. 203. Оп. 659. Д. 7
В 1899 году Московские церковные ведомости писали об обновлении главного храма и приделов: «15 августа в церкви св. Иоанна Предтечи, что в Переславской слободе, близ Крестовской заставы, было совершено освящение главного храма в часть иконы Знамения Божией Матери и придела в честь святителя Николая Чудотворца. Иконостасы в них вновь вызолочены, возобновлена церковная утварь, а стены художественно украшены живописью и орнаментами Я. Е. Епанечниковым. Освящение совершено настоятелем храма священником о. В. П. Флериным». А 29 августа был освящен обновленный придел св. Иоанна Предтечи. «Усердием ктитора и прихожан, частью на церковные деньги придел благолепно обновлен внутри: иконостасы вновь вызолочены, ризы на иконах позолочены, стены украшены живописью художником Я. Е. Епанечниковым, возобновлена утварь. Богослужение совершал местный Благочинный протоиерей П. В. Рубин с настоятелем храма при пении хора певчих и многочисленном стечении богомольцев»[41]
.Образ Божией Матери «Знамение» на западном фасаде храма.
К началу XX века церковь Знамения Пресвятой Богородицы в Ямской Переславской слободе была одной из самых богатых в Москве. Неподвижной суммы состояло в кредитных учреждениях 241084 рубля 57 копеек. Кроме того, при церкви имелось неподвижного капитала 133800 рублей, проценты с которых шли на содержание Епархиального Дома; проценты с капитала 55100 рублей – на духовно-просветительские нужды Епархии; с капитала 55100 – на содержание местной церковно-приходской школы и в уплату долга по покупке в церковь причтовых домов. Означенные капиталы были получены церковью за отчужденную под железную дорогу причтовую землю. Из этих капиталов по указу Святейшего Синода от 24 декабря 1914 года было выдано в ссуду Московской Успенской в Печатниках церкви 188000 рублей, из них получено 50000 рублей, в долгу оставалось 138000 рублей[42]
.Прошение священника с приходскими людьми к архиепископу Августину о сооружении каменной церковной ограды.
По записям, сохранившимся в церковных ведомостях, к 1916 году причт Знаменской церкви получал в кружечных доходах 1850 рублей в год. На содержание причта имелись также следующие «причтовые капиталы: 1) 67454 руб. в непрерывно-доходных билетах; 2) 124100 руб. в Свидетельствах Государственной 4% ренты; 3) 300 руб. в одном билете Государственной Комиссии погашения долгов; 4) 50 руб. в 5% билете 2-го Внутреннего с выигрышами займа; 5) 157 руб. 08 коп., состоящих на книжке Сберегательной кассы; 6) 92100 руб., взятых заимообразно церковью на покупку причтовых домов, на постройку дома для квартир двум псаломщикам, на производство ремонтных работ и проведение водопровода и канализации. С означенных капиталов в пользу причта причитается процентов 9360 рублей 30 копеек».
К 1916 году земли при церкви оставалось «усадебной вместе с погостом церковным 1 десятина 2198,5 кв. саженей, пахотной 15 десятин 1985 кв. саженей, сенокосной и внеусадебной, огородной и луговой близ церкви по 1-й Мещанской – 2 десятины 1448 кв. саженей. Всего 20 десятин 831 1/
2 кв. сажень. Все означенные земли по хранящимся в церкви планам и Высочайше утвержденным дарственным и межевым записям, должны находится в бесспорном владении причта, но доходностью с 2-х десятин 1448 кв. саженей внеусадебной земли в настоящее время пользуется не причт, а церковь». Вся усадебная и пахотная церковная земля к тому времени была занята постройками арендаторов. Средний ежегодный доход, ею приносимый, составлял 13294 рубля 75 копеек. Почти вся означенная земля (15 десятин 1885 кв. саженей) с 22 апреля 1916 года была сдаваема в аренду под постройки крупному арендатору господину Михельсону.