Настоятелем Знаменской церкви в 1970 – начале 1980-х годов состоял известный
Православные верующие Москвы с большой любовью почитают этого угодника Божия. В народе Знаменский храм слывет еще и как «Трифоновский». И когда решался вопрос, кому из чтимых святых посвятить новый престол, то Святейший Патриарх Пимен назвал имя святого мученика и чудотворца Трифона. Освящение престола Святейший Патриарх благословил совершить настоятелю протоиерею Владимиру Рожкову с клириками храма.
Вначале был совершен молебен с водоосвящением перед иконой святого мученика Трифона, затем освящены облачения на престол. Освящение престола совершалось при большом стечении народа. Молитвенно пел хор под управлением Е. И. Федюшиной. По окончании чина освящения храм и молящиеся были окроплены святой водой.
Затем на новом престоле была совершена Божественная литургия. После благодарственного молебна протодиакон Павел Меленяко возгласил уставные многолетия. Настоятель протоиерей Владимир Рожков произнес слово, в котором поздравил прихожан с новой святыней храма – престолом в честь святого мученика и чудотворца Трифона, а также разъяснил символическое значение некоторых священнодействий и молитвословий в чине освящения престола.
Новый престол с большим мастерством и любовью выполнен из 250-летнего дуба столяром-краснодеревщиком В. И. Кудиновым – прихожанином храма, бескорыстные труды которого вот уже много лет направлены на украшение храма».
В южном, Предтеченском приделе на престоле помещен ковчежец с частицами мощей многих угодников Божиих.
Православный народ горячо чтит находящийся в южном приделе Животворящий Крест Христов – искусно вырезанное из дерева Распятие XVIII века, перенесенное в храм из Страстного монастыря. Каждую пятницу после вечернего бого-служения перед этим Распятием читается акафист Божественным Страстям Христовым.
Храмовая икона св.мч. Трифона.
Чтится в народе также большой дубовый Крест, находящийся на Горнем месте в алтаре придела во имя святого Иоанна Предтечи. Крест сооружен в 1652 году в воспоминание о встрече в Москве, у Троицкой заставы, мощей святителя Московского Филиппа. В ознаменование этого события застава и площадь получили название Крестовской. Ныне площадь носит название Рижского вокзала.
Другая великая святыня храма – храмовая икона Божией Матери «Знамение» – список XVI века с древней новгородской иконы. В воскресные дни вечером перед образом читается акафист Божией Матери и служится молебен с водоосвящением.
Издавна почитаемыми являются иконы святого Иоанна Предтечи (XVII века) и Святителя Николая (XVIII века), святителя Черниговского Феодосия с частицей его облачения, преподобного Серафима Саровского с частицей его гроба, а также икона святых мучеников Адриана и Наталии XIX века, перенесенная в Знаменский храм, из разрушенной в 1930-е годы церкви Адриана и Наталии, находившейся на бывшей 1-й Мещанской улице. Глубоко почитается прихожанами святой праведный Филарет Милостивый.
Препровождение адмотделом Моссовета в Президиум Моссовета двух заявлений от двух групп прихожан, церкви свв. мчч. Адриана и Наталии на 1-й Гражданской улице – обновленческой и староцерковнической. 1935 год. ЦГАМО. Ф. 66. Оп.18. Д. 352
В ризнице храма хранятся антиминсы, священнодействованные священномучеником Владимиром (Богоявленским, † 1918), митрополитом Дмитровским Трифоном (Туркестановым, † 1934), митрополитом Московским и Коломенским Сергием (Страгородским), впоследствии Святейший Патриарх Московский и всея Руси, Святейшим Патриархом Алексием І († 1970), Святейшим Патриархом Пименом († 1990).
По благословению Святейшего Патриарха Пимена и согласно установившейся в храме традиции, каждую неделю в среду вечером соборно совершаются вечерня и молебен с акафистом святому мученику Трифону.