Во второй половине 1980-х годов настоятелем храма был любимый всеми прихожанами протоиерей Сергий Вишневский.
В 1990 году он по собственной инициативе оставил Москву и отправился возрождать заброшенный храм на своей родине, в глухом ярославском селе Флоровское, где служил еще его дед.Общий вид Знаменского храма с северо-запада. Фото 1990 года.
9 августа 1990 года настоятелем церкви Знамения Пресвятой Богородицы в Переяславской слободе был назначен клирик храма протоиерей Федор Рожик
. Вместе с приходским советом новый настоятель обратился к Святейшему Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II с просьбой приписать к Знаменскому храму заброшенный, полуразрушенный храм святого мученика Трифона в Напрудном. После благословения Святейшего начались работы по возрождению этого храма. Была проведена по реставрация крыши и стен. Внутри этого древнего храма, 1492 года постройки его в камне, была полнейшая разруха. Храм находился в настолько запущенном состоянии, что не имел даже окон и дверей, по нему гулял ветер, и находили себе в нем пристанище местные вороны. На протяжении двух лет шли восстановительные работы, и в 1992 году храм был освящен малым чином, в нём начались богослужения. С этого момента, в течение уже почти двадцати лет, в храме постоянно совершается Божественная литургия в субботы и в воскресные дни, в большие праздники. Одновременно начались работы по благоустройству территории вокруг храма святого мученика Трифона, чудотворца. Поскольку храм находился на территории медицинского института МОНИКИ, больших усилий стоило получить земельный участок в охранной зоне памятника.Территория парка «Сокольники» почти в четыре раза больше лондонского Гайд-парка. С XV века московские Сокольники были местом великокняжеской соколиной охоты. Здесь находился сокольничий двор с сокольней, сокольничья роща и, видимо, само поселение сокольников. Впоследствии Сокольники становятся местом традиционных гуляний московской знати и народа.
По благословению Святейшего Патриарха Алексия II в 1995 году было начато, а в 1998 году завершено строительство крестильного храма. В том же году храм был освящен малым чином в честь священномученика Александра Хотовицкого – последнего ключаря храма Христа Спасителя. Вместе с крестильным храмом была построена воскресная школа.
Благословением Святейшего Патриарха Алексия II была начата большая работа по оформлению документации для строительства утраченной Крестовской часовни. Ныне идут работы по ее строительству. В часовню предполагается поместить знаменитый дубовый Крест, который был установлен на месте встречи мощей святителя Филиппа при перенесении их в Москву с Соловков. Финансировали строительство часовни прихожане Знаменского храма Соколовы Алексей Аркадьевич и Василий Аркадьевич, Михайлик Александр Георгиевич и Наталья Константиновна.
Выезд императора Петра II и царевны Елизаветы Петровны на охоту. Художник В. Серов. Конец XIX века.
Северо-восточнее церкви Знамения, что в Ямской Переяславской слободе, простирается парк Сокольники
, расположенный на территории древней Сокольницкой сосновой рощи. От Сокольнической площади на северо-восток идет улица Стромынка, сохранившая направление древней дороги, называвшейся, как и подмосковное село, Стромынь. Это общепринятое объяснение в последнее время считается спорным, ведь село никогда не было особенно богатым и не было весомых оснований называть большую дорогу от Москвы по имени этого села, хотя исследователи обращают внимание на нахождение там Троицкого Стромынского монастыря, основанного преп. Сергием Радонежским около 1379 года. Существует версия, что дорога, ведшая на северо-восток, в частности к Костроме, могла называться Костромынской дорогой или Остромынской, а это уже созвучно со Стромынкой[45].Сокольничья Роща на карте Москвы 1895 года.