Первое известное, письменное упоминание о Вельяминове содержится в грамоте 1511 года, по которой великий князь Московский Василий Иоаннович пожаловал Богоявленского монастыря игумену Геннадию с братиею «села монастырские в Московском уезде в Берендеевом стану с. Богданово с деревнею, да в Бежецком стану село Вельяминовское с деревнями… да в Бежецком уезде село Лосево с деревнями…»
Из документов XVI века известно, что к селу Вельяминово была приписана пустошь Марфина, смежная владением Алексеевского монастыря, расположенным по дороге из Останкино в Свиблово. К северу от Вельяминово находилось владение Вознесенского монастыря, с запада – владение Новодевичьего монастыря.
Как значится в Книге письма и меры Московского уезда, в 1596 году Богоявленский монастырь обменивает Вельяминово на село Топорково на реке Лихоборке и владельцем Вельяминово становится князь Дмитрий Иванович Шуйский, брат будущего царя Василия Шуйского. «Выменял князь Дмитрий у Богоявленского монастыря игумена Иосифа с братиею монастырскую вотчину в Московском уезде на реке Лихоборке сельцо Владыкино, в нем храм Николая Чудотворца, да пустошь Марфино с пашни и луги и лесы и с болота и со всеми угодьями, куда ходили плуг и соха, и коса и топор по старым межам… Убытки, которые могут быть у игумена с братиею из-за этого обмена, Дмитрий Шуйский обязался взять на себя. По этой сделке с князя Дмитрия было получено по тем временам целое богатство – 100 рублей денег. По мнению автора книги «Северо-восток родной столицы» Вельяминово сразу же переходит от Шуйского к Пожарскому и происходит это в 1619 году, когда Шуйский томится в польском плену.
Дмитрий Пожарский. Художник Л. Столыгво. 1949 год.
Именно ко временам, когда Вельяминовом владел Шуйский, относится первое упоминание о храме в нем. Это была деревянная церковь Святителя Николая Чудотворца, стоявшая на левом берегу Лихоборки. Возможно, при Шуйском церковь Николая Чудотворца была разобрана, а вместо нее выстроена деревянная церковь Рождества Пресвятой Богородицы. Однако в других документах конца XVII века церковь все еще указывается воздвигнутой во имя Святителя Николая Чудотворца.
В 1653 году Вельяминово переходит в ведение Патриарха Никона, путем обмена землями с Богоявленским монастырем. Однако вскоре между царем Алексеем Михайловичем и Патриархом Никоном вспыхивает конфликт. Патриарх, который еще недавно был правой рукой царя, утверждает, что «священство выше царства». Церковный Собор 1666–1667 годов лишает Никона Патриаршества; опальный и лишь по смерти реабилитированный архиерей, в то время был сослан в Белозерский монастырь. В дальнейшем царь разрешил Никону вернуться в Москву, но по дороге в столицу Никон скончался, успев однако оставить память о себе в названии села. Вельяминово с того времени стало именоваться село Вельяминово, также Владыкино (от слова владыка – архипастырь).
Царь Алексей Михайлович и Патриарх Никон у гроба святого митрополита Филиппа. С картины А. Литовченко.
С упразднением Патриаршества село Владыкино перешло в ведение Святейшего Синода. Однако в 1722 году личным указом Петра I Владыкино вместе с селом Озерецким было передано Феофану Прокоповичу, в тот момент Псковскому, а затем Новгородскому епископу. Вместо Патриархата был создан Святейший Синод, во главе которого встал Митрополит Стефан (Яворский). Вторым лицом по чину считался Феофан (Прокопович), однако, именно он являлся наиболее влиятельной фигурой в Синоде. В 1720 году он был возведен в сан архиепископа.