В роли опорных точек системы оказались ясачные зимовья, расположенные на «дальних реках». Как правило, одну реку контролировали два-три зимовья (Яна, Индигирка и Колыма), реки небольшой протяженности (Хрому или Алазею) – одно. Каждое такое зимовье выступало в нескольких качествах. Во-первых, оно было элементом водной инфраструктуры: здесь останавливались суда (прежде всего знаменитые кочи), а среди имущества зимовья обязательно были инструменты для судоремонта. Второе, важнейшее, назначение зимовья – центр власти, здесь служил приказный человек, отвечавший за сбор ясака с приписанных к зимовью аборигенов, а также контролировавший русское население округи. Наконец, в третьем своем качестве зимовье представляло собой центр сложных социальных связей между различными группами русского и аборигенного населения: верхушкой местных племен, торговыми людьми, промышленниками, служилыми людьми зимовий.
Для изучения инфраструктуры и повседневной жизни на «дальних заморских реках» помимо документального материала очень важны археологические находки. В восточносибирской Арктике планомерными раскопками под руководством А. Н. Алексеева изучены Алазейское и Стадухинское (в низовьях Колымы) зимовья (Алексеев, 1996), позднее Стадухинское зимовье также исследовалось экспедицией «Северной археологии» под руководством Г. П. Визгалова (Визгалов, 2011: 40–48). Хотя материал этих раскопок значительно уступает археологическим сокровищам Западной Сибири (в первую очередь Мангазеи) (Визгалов, Пархимович, 2017), он дает нам обширный массив данных для изучения особенностей архитектуры построек, охотничье-рыболовных и пищевых практик обитателей зимовий, их досуга (например, на Алазейском зимовье обнаружена большая коллекция деревянных шахматных фигур). Говоря об арктической археологии Якутии применительно к русским поселениям XVII в., необходимо также отметить работы под руководством А. П. Окладникова в Зашиверске, но там в фокусе внимания оказалось не столько поселение, сколько Спасо-Зашиверская церковь, уникальный памятник сибирского деревянного зодчества (Окладников, Гоголев, Ащепков, 1977).
Каждое ясачное зимовье представляло собой небольшое укрепление (в русских документах – «острог» или «острожек») с двумя-тремя башнями, в котором располагались «государев амбар» (в котором хранились необходимые запасы продовольствия и хозяйственные товары) и «казенка» – помещение, в котором содержались аманаты – заложники из числа местных «ясачных иноземцев». Часть строений располагалась вне стен укрепления, это обстоятельство, возможно, объясняет формулу
Уже в описаниях плаваний XVII столетия мы можем увидеть некоторые черты будущих рейсов Севморпути, например использование «корованов» – совместного движения кочей.
Зимовья выступали центрами власти, но при этом выбор места для их основания не диктовался «сверху» – в случае открытия неизвестных ранее рек это и не было возможно, – а полностью зависел от обстоятельств похода первооткрывателей. В дальнейшем, по мере расширения кругозора в конкретной географической области, зимовье могло быть перенесено на другое место.