По учению врачебной науки Тибета, первыми условиями здоровья детей являются чистые воздух и вода, незагрязненная почва, тепло и свет. Именно поэтому Бадмаев решил обосноваться со своим семейством не в центре города, а на Поклонной горе, вдали от фабрик и заводов, среди озер, лесов и живописных дач. Здесь он купил участок земли и построил в 1880-х годах двухэтажный каменный дом с башенкой. Как сообщал строительный журнал «Наше жилище», дом Бадмаева являлся первым в России железобетонным зданием. Автором проекта необычного особняка стал архитектор Евгений Львович Лебурде (он известен также как автор церкви и здания санатория «Халила» на Карельском перешейке). Рядом возникло небольшое хозяйство (сам Бадмаев именовал свою дачу «мызой»), где держали коров, чтобы дети пили только парное молоко.
Внук Бадмаева, ученый-химик Н.Е. Вишневский, вспоминал: «По четвергам на Поклонной собиралась молодежь… Играли в городки, в теннис. Потом всех звали к обеду. За стол садилось человек двадцать… Вся атмосфера на Поклонной была очень доброжелательной… По учению врачебной науки Тибета, окружающее нас пространство – тоже лекарство. Вот дед и стремился создать атмосферу всеобщей доброжелательности».
На Поклонной горе Бадмаев вел прием больных (кроме этого у него работала клиника на Литейном), здесь же находилась аптека тибетских лекарственных трав и больница-санаторий. Большинство составных частей лекарств – травы, плоды деревьев – привозились из Бурятии, а некоторые из Монголии и Тибета. Кроме того, на Поклонной постоянно стажировались врачи Медико-хирургической академии. Здесь же Бадмаев работал над переводом на русский язык древних рукописей по врачебной науке Тибета «Жуд-Ши», зародившейся три тысячи лет назад в Индии.
Лечение у Бадмаева являлось достаточно дорогим по тем временам, тем не менее к нему обращались за помощью люди всех сословий. С бедных он брал мало. Говорят, еще в 1930-х годах по могилу Бадмаева на Шуваловском кладбище приходили его бывшие пациенты и приносили цветы. А трамвайная остановка на Поклонной горе вплоть до войны называлась «Дача Бадмаева».
Лечились у Бадмаева и представители власти. Его не раз приглашали в Зимний дворец, стремились попасть к нему и люди из придворного круга, в том числе и совсем одиозные личности. Не остался он в стороне от «распутинской эпопеи», причем сначала выступал на стороне его противников, потом – его сторонников. В 1911–1912 годах он некоторое время поддерживал епископа Гермогена и иеромонаха Илиодора в их борьбе против Г.Е. Распутина. Когда Синод постановил выслать Илиодора в отдаленный монастырь, Бадмаев на целую неделю спрятал Илиодора у себя на даче на Поклонной горе. В дальнейшем Бадмаев сблизился с Распутиным. По некоторым сведениям, Распутин бывал у Бадмаева на Поклонной горе. Именно связь с Распутиным стала одной из причин того, что в дни февральской революции дачу Бадмаева, окрещенную «осиным гнездом», сожгли, поскольку она казалась одним из символов свергнутого режима.
Мало кто тогда ведал, отмечал внук П.А. Бадмаева писатель Б.С. Гусев, что во время революции 1905 года Бадмаев спрятал в доме на Поклонной горе группу бежавших студентов-революционеров, обратившихся к нему с просьбой не выдавать их в руки полиции. Бадмаев распорядился переодеть этих студентов в форму аптечных работников и посадить их к огромным медным ступам толочь лекарства. Полиция обошла усадьбу на Поклонной горе и никого не нашла. А вскоре Петр Александрович помог студентам деньгами, и их переправили через границу в Великое княжество Финляндское…