Поскольку Исер Харел был крайне недоволен своим отстранением от атомного проекта Израиля и назначением на этот пост Шимона Переса, который в 1963 году стал одновременно главой Лакам, то глава Моссад затеял крупномасштабную интригу против Старика — так в израильском истеблишменте фамильярно называли премьера Бен Гуриона. Суть интриги заключалась в том, чтобы запугать израильтян угрозой ракетного вооружения Египта и наличием в этой стране программы по созданию атомного, химического и биологического оружия.
Как известно, Харел многое сделал для того, чтобы добиться выдворения из Египта германских специалистов, разрабатывавших ракетную программу Насера, и Лотц был только одним из звеньев этой операции, получившей кодовое наименование «Дамоклов меч». Трудно поверить, но руководитель израильского разведывательного сообщества пошел на сговор с нацистским палачом Отто Скорцени, чтобы побудить его помочь выдворению из Египта немецких специалистов. От Скорцени Харел получил наводку на австрийца Отто Йоклика, безуспешно работавшего в Египте над созданием ракет типа «земля — земля» и уверявшего Насера, что сумеет создать сверхмощную «кобальтовую бомбу». Австриец был перевербован Моссад и доставлен в Израиль, однако эксперты Лакам отвергли все его утверждения и гипотезы.
Тогда Харел нацелил сотрудников Моссад на то, чтобы те стали давать интервью западным журналистам на тему о ракетно-ядерных амбициях Каира, а также привлек к сотрудничеству троих ведущих израильских журналистов, которым поручалось побольше выведать о немецких ученых в Египте. Появившиеся в израильской и зарубежной прессе инспирированные Моссад публикации о мнимой ракетной угрозе со стороны Каира вызвали, разумеется, панику в самом Израиле и привели к осложнению отношений Тель-Авива с ФРГ. Бен Гурион пришел в ярость и потребовал от «Исера маленького» прекратить неумную кампанию дезинформации, однако тот, как водится, закусил удила.
16 марта 1963 года австриец Йоклик был арестован швейцарскими властями, и спустя девять дней Харел сам подал в отставку. Он надеялся на то, что Бен Гурион отставку не примет и оставит его на посту координатора спецслужб. Однако, к его удивлению, прошение об отставке было немедленно удовлетворено премьер-министром, которого беспокоило чрезмерное сосредоточение слишком большой власти в руках одного руководителя израильского разведывательного сообщества.
На следующий день, то есть 26 марта 1963 года, Бен Гурион вызвал к себе в кабинет руководителя военной разведки Аман генерал-майора Меира Амита и объявил ему о том, что назначает его на пост директора Моссад. Одновременно премьер пояснил, что в задачи нового руководителя войдет также проведение внешней разведки. Контрразведка Шин-Бет получит самостоятельного руководителя и сосредоточится на обеспечении внутренней безопасности Израиля. Выбор Амита в качестве главы Моссад был вызван тем, что он являлся военным стратегом, в отличие от Харела, который слыл непревзойденным «оперативником». Поэтому, кстати, «Исер маленький» всеми силами противился в свое время назначению Амита на пост руководителя военной разведки Израиля.
Высшее армейское руководство страны между тем считало, что назначение Амита главой Моссад положительно скажется на работе этого шпионского ведомства, однако тот был более чем прохладно встречен ее сотрудниками. Вновь, как и двадцать два года назад, повторился «бунт шпионов». На сей раз с коллективным протестом выступили европейские резиденты Моссад, для которых Харел являлся живой легендой. Этот конфликт продолжался довольно долго и так и не получил своего окончательного разрешения. Как водится, в результате полумер дело было спущено на тормозах.
Амит считал, что Моссад должна брать пример с американского ЦРУ и сосредоточить свои усилия на сборе в первую очередь военно-политической информации по арабским странам и не втягиваться во второстепенные операции, не имеющие отношения к этому делу. Он изменил подход к подбору кадров в Моссад. Если раньше ставка делалась на рекомендации «старых друзей», то Амит, подобно американцам, стал искать потенциальных кандидатов не только в армии, но и в университетах, среди бизнесменов и из числа новых эмигрантов. Правда, последние все-таки были скорее исключением из правила, нежели самим правилом.
Амит произвел и внутреннюю реорганизацию Моссад, взяв за основу структуру ЦРУ. Организационно Моссад состоит теперь из оперативных управлений (департаментов) и вспомогательных служб, обеспечивающих работу первых. К оперативным управлениям относятся: информационно-аналитический, оперативного планирования и координации, исследовательский, политических акций, по связям с иностранными спецслужбами. Вспомогательные управления — учебный, финансовый, кадровый и оперативно-технический. Управления, в свою очередь, делятся на отделы.