В 1940 году Африканский корпус фельдмаршала Роммеля вплотную подошел к границам Египта. Ему противостояли англо-американские войска, которые вяло сопротивлялись противнику, постоянно отступая. В том же году возглавляемая Абрамом Штерном подпольная организация ЛЕХИ начала вооруженную борьбу против англичан. Штерн был немедленно арестован англичанами и казнен в феврале 1942 года, однако члены его организации продолжали свою борьбу. Когда осенью 1942 года британско-американские войска разгромили Африканский корпус Роммеля, англичане заняли более жесткую позицию в отношении подпольной армии Хагана. Началось разоружение ее отрядов и конфискация оружия. Это привело к консолидации всех еврейских экстремистских группировок. К борьбе присоединились, в частности, боевики организации Иргун. 5 ноября 1944 года два молодых террориста организации ЛЕХИ — Элиа Бейт Зари и Элиа Хаким — убили государственного министра Великобритании по Ближнему Востоку лорда Мойна в его резиденции в Каире, что вызвало волну негодования во всем мире и рост антиеврейских настроений в Египте.
Убийцы лорда Мойна были казнены 22 марта 1945 года. Их казнь произвела глубокое впечатление на 20-летнего Эли Коэна, который стал симпатизировать сионизму. В Египте под руководством Руфи Клигер тогда действовало отделение сионистской организации Алия-Бет, занимавшейся репатриацией восточных евреев «на землю предков». Для прикрытия этого предприятия было создано туристическое агентство «Грунберг», с которым и стал сотрудничать Эли Коэн. Он отвечал за подкуп местных властей с целью получения от них помощи и, как свидетельствует история, помог тысячам египетских евреев переселиться в Палестину.
Такое сотрудничество продолжалось до начала первой арабо-израильской войны 1948 года. В 1950 году семья Коэна переселилась в Израиль, однако сам Эли остался в Египте, чтобы завершить образование в Каирском университете. В 1951 году в Египет приехал израильский разведчик Абрам Дар, выдававший себя за англичанина Джона Дарлинга. После вербовки Эли Коэн согласился работать на израильскую разведку. Вместе с еврейской спортсменкой Марсель Ниньо он был выведен в Израиль для подготовки к шпионско-диверсионной работе и через три месяца возвратился в Египет. Коэн стал радистом подпольной террористической группы, которая имела задание взрывать американские и английские объекты в Каире и Александрии.
Израильским террористам удалось подложить бомбы в библиотеках Американского информационного агентства ЮСИА в Каире и Александрии. Ряд терактов был ими осуществлен, однако в 1954 году из-за ошибки Ф. Натансона все они были арестованы и попали в тюрьму, а школьный приятель Коэна Самуэль Аззар и доктор Мазрук, чьи руки были обагрены кровью невинных жертв, были повешены 1 января 1955 года на территории тюрьмы Баб-эль-Халек. На казни присутствовал Коэн, которому все-таки удалось избежать ареста и суда. Катастрофический провал в Египте израильской военной разведки Аман вызвал громкий скандал в Тель-Авиве, получивший название «дело Лавона» по имени тогдашнего министра обороны, на которого была возложена вся ответственность за произошедшее.
Но и после провала агентов Аман Эли Коэн продолжал свою шпионскую работу в Александрии, хотя в ноябре 1956 года, в ходе «тройственной агрессии», он был арестован египетскими властями и 20 декабря того же года как подозрительная личность выслан из страны. 12 февраля 1957 года он прибыл в Израиль через Италию и получил израильский паспорт. В пригороде Тель-Авива под названием Бат-Яма он встретился с проживавшими там своими родителями. Тогда ему было 32 года.
На Коэна обратила внимание израильская разведка. В конце 1957 года ему предложили работу в министерстве обороны. Присмотревшись к репатрианту, они через год направили Коэна в Шин-Бет. В этой службе он просматривал арабские газеты, делал анализ политической обстановки в арабских странах. Однако рутинная работа не нравилась бывшему диверсанту, и он заявил руководству о своем желании заняться более активной деятельностью. Директор Моссад не любил выскочек-добровольцев в разведке. Он считал их авантюристами, поэтому Коэн вынужден был уйти из Шин-Бет, превратившись в скромного бухгалтера.
Вместе с тем Моссад внимательно присматривалась к Коэну с момента его приезда в Израиль, и в середине 1960 года ему было предложено перейти на работу в эту организацию. Коэн с радостью согласился. В том же году он прошел курс подготовки особенно в области диверсионных актов и взлома сейфов. В остальном обучение Коэна азам разведки ничем не отличалось от подготовки в разведслужбах других стран.