Впоследствии офицеры "Скобелева" рассказывали Владимиру, что между контр-адмиралом Копытовым и его братом возникло непонимание, поскольку поначалу путешественник вел себя надменно. На "Скобелеве" не было свободных кают, но Николай Николаевич категорически требовал себе отдельное помещение. В конце концов на палубе над полуютом для него соорудили просторную брезентовую палатку, после чего отношения с Копытовым наладились. Жене контр-адмирал писал: "Без Миклухо-Маклая я бы мог выполнить чрезвычайно поверхностно своё дело. Теперь, имея его с собою, мне будет всё вдесятеро легче. Он же сам по себе человек чрезвычайно интересный, проделавший вещи почти невероятные во время жизни с дикарями… Слушать рассказы о его приключениях доставляет мне много удовольствия, и часто не верится, чтобы такой маленький и слабенький человек мог бы делать такие дела…"
На этот раз в свое третье посещение Новой Гвинеи Николай Николаевич пробыл там всего восемь дней. Миклухо-Маклай обнаружил, что большинство его старых друзей уже умерли, деревня Бонгу, рядом с которой он жил и с жителями которой больше всего общался, полностью обезлюдела в результате начавшейся войны между деревнями. Миклухо-Маклай осознал тщетность своего проекта создания единого сообщества папуасов. С этого времени он мыслил Папуасский Союз как управляемую лично им территорию, некий "этнографический заповедник" под протекторатом какой-либо европейской державы, причём необязательно России. На "Скобелеве" Николай Николаевич навсегда покинул берег Маклая.
Что же касается угольной станции, то в отчете по результатам плавания контр-адмирал Н.В. Копытов доложил, что ни одна из гаваней, обследованных им на Новой Гвинее и на Палау, не подходит для устройства угольных складов для крейсеров. Вместе с тем он полагал, что продуктивнее другая схема: водворение на островах частного русского лица вместо прямой колонизации. Копытов, будучи разработчиком концепции крейсерской морской войны, видел, что все пункты, предлагаемые Миклухо-Маклаем, крайне удалены от основных океанских коммуникаций. Однако он подчёркивал, что без путешественника миссия была бы не выполнена. Миклухо-Маклай служил переводчиком при общении с островитянами и получил для русского морского ведомства массу сведений о европейцах, высаживавшихся на островах.
Покинув в Маниле борт "Скобелева", Николай Николаевич самостоятельно добирался до Австралии и в июне 1883 года прибыл в Сидней. Почти три года он провел в Австралии, и это были нелегкие годы. По дороге он написал императору Александру III и генерал-адмиралу, великому князю Алексею Александровичу о российском протекторате над Берегом Маклая. В январе 1884 года император Александр III, получив письмо, поручил адмиралу Шестакову разобраться, почему Копытов забраковал все предложения Миклухо-Маклая. Шестаков проштудировал материалы Миклухо-Маклая и отчет Копытова и раздраженно назвал путешественника "прожектером". На императора наибольшее впечатление произвел самый простой аргумент: все пункты, предложенные для военной базы флота Миклухо-Маклаем, расположены так далеко от морских торговых путей, что запас угля, полученный на Новой Гвинее крейсером, будет истрачен еще до выхода на неприятельские коммуникации. На этом вопрос о базах для Российского флота в Новой Гвинее был закрыт навсегда.
В Сиднее Миклухо-Маклай познакомился с молодой вдовой Маргарет Робертсон-Кларк, дочерью сэра Джона Робертсона, крупного землевладельца, пять раз бывшего премьер-министром Нового Южного Уэльса. Семья Робертсонов жила в окрестностях Уотсон-Бея, в имении Клобелли. После этого Миклухо-Маклаи некоторое время занимался научными изысканиями на местной биологической станции. Когда же спустя три месяца после их знакомства Маклаю нужно было на какое-то время оставить Австралию, Маргарет подарила ему свою фотографию с шестью таинственными латинскими буквами: "N.B.D.C.S.U.". Это были начальные буквы слов клятвы: "None but death can separate us" — "Ничто, кроме смерти, не может разлучить нас".
В феврале 1884 года 38-летний русский путешественник и ученый Николай Миклухо-Маклай женился на молодой вдове Маргарет Робертсон. Маргарет вышла замуж за Маклая, отказавшись от какой-либо материальной помощи со стороны своих родителей и от своей доли наследства, так как ее отец был против этого брака. И это при том, что семья Робертсонов была одной из самых богатых семей Австралии, а Маргарет единственной, кому отец мог доверить семейную фирму после своей смерти. Но для этого она должна была жить в Австралии. Маклай же отказался от британского подданства, не имея намерения поселиться в Австралии навсегда.