Из письма Николая Миклухо-Маклая брату Владимиру: "Все родственники и почти все друзья Риты против нашей свадьбы, выдумывают разные препятствия: так, например, что для меня требуется разрешение государя императора, чтобы жениться, и т. п.". Но все препятствия были преодолены. Император дал разрешение Маклаю жениться на протестантке по протестантскому обряду. В ноябре 1884 года родился первенец, названный Александром в честь российского императора. В декабре 1885 года родился второй сын — Владимир, названный в честь любимого младшего брата.
Что касается Владимира Миклухи, то в это время он тоже не сидел дома. Наверное, еще никогда Миклу-ха не был так близок к своей мечте, осуществляя ежегодные кругосветные плавания! Навсегда осталась в его сердце уютная бухта Диомид, где рядом со строящимся Владивостоком швартовались пароходы Добровольческого общества, проседью в висках запечатлелась память о ревущих сороковых и штормовых пятидесятых широтах. Шесть дальних походов из Одессы до Владивостока и обратно совершает он почти без всякого перерыва. Меняются только названия пароходов: "Владивосток", "Петербург", "Россия". Стоит лишь заглянуть в послужной список Владимира Николаевича, чтобы понять, как он плавал. В графе "В плавании под парусами и за границею" за 1883 год значится 365 суток, за 1884— 365 суток и за 1885 вновь 365 суток. В течение трех лет подряд он ни одного дня не провел на земле! Да и в последующие годы Миклуха плавал ненамного меньше: в 1886 году — 299 суток и в следующем, 1887, — те же 299 суток… Столь интенсивные плавания сказывались на нервах. Порой Миклуха начал срывался. Так, в одном из плаваний, не сдержавшись, он ударил матроса, который в его присутствии пошло отозвался о пассажирке. Дело дошло до суда, но, разобравшись во всем, судьи Миклуху оправдали. Впрочем, он и сам себя сильно корил за несдержанность.
— Это же надо, — говорил он супруге, — я еще мальчиком, мечтавший о всеобщем равноправии и социальном равенстве, посмел поднять руку на того, кто не мог мне ответить тем же! В кого я превратился!
— Успокойся, милый, — гладила его по голове Юлия Николаевна, — это все нервы!
После этого жена свозила Миклуху в клинику Новороссийского университета, где ему прописали какие-то успокаивающие пилюли.
В феврале 1886 года Николай Николаевич Миклухо-Маклай покинул Австралию и в апреле прибыл в Россию. Из Одессы он сразу же направился в Ливадию, где добился приема у Александра III. Он опять предложил царю основать русское поселение на Берегу Маклая. "Ваше Императорское Высочество, — писал Николай Николаевич 12 августа 1886 года, — имея высочайшее соизволение на поднятие русского флага на незанятых другими державами островах Тихого океана и получив более 1200 заявлений от лиц, желающих переселиться на эти острова, я надеюсь, что Морское министерство со своей стороны не откажет в содействии к осуществлению предположенного мною плана: так как занятые Россией острова и основанная на них русская колония будут служить удобною военною станцией для русских военных судов и выгодным местом снабжения их топливом, материалами и припасами. Предположенный мною план занятия островов в Тихом океане и образования на них русской колонии необходимо осуществить немедленно, так как при существующем в последнее время стремлении европейских держав, особенно Германии и Англии, к захвату различных островов Тихого океана на долю России в скором времени не останется ни одного более или менее удобного пункта".
Особо рассчитывал Николай Николаевич на брата Владимира, с которым они уже давно мечтали о совместных путешествиях. По задумке старшего брата, младший должен был возглавить морской флот колонии. Владимир, разумеется, сразу дал свое согласие. Он уже давно морально готовился к тому, чтобы быть рядом со старшим братом. Ради этого, собственно, ушел с военного флота на торговый, чтобы стать настоящим океанским капитаном, изучить воды Тихого океана и в дальнейшем быть полезным старшему брату. Казалось, что все уже решено и в истории России появится новая глава — новогвинейская…
В июле 1886 года Николай Николаевич Миклухо-Маклай с женой и детьми прибыл в Петербург. Информируя читателей о его приезде, газета "Новости" сообщала: "Здоровье его неудовлетворительно, страдающую ревматизмом руку он носит на перевязи. Мысли об основании русской колонии на островах Тихого океана он не оставляет".
Супруги поселились на Галерной улице. Наиболее трудной задачей было найти бонну для детей, говорящую по-английски, так как Маргарет и маленькие сыновья совершенно не знали русский язык. В данном случае на помощь пришла Юлия Николаевна, которая привела на Галерную скромную девушку Марию. Девушка согласилась ухаживать за детьми и служить переводчицей за 15 рублей в месяц.