По прибытии в Одессу Миклуха узнал от супруги последние новости о своем старшем брате Николае, которые ей сообщила Екатерина Семеновна. Согласно этим новостям в конце декабря 1881 года в Сидней, где проживал тогда Николай Миклухо-Маклай, пришла русская эскадра в составе крейсера "Африка" и клиперов "Пластун" и "Вестник" под командой контр-адмирала Асланбегова. Это было удобной возможностью для Николая вернуться в Россию, где он не был к тому моменту уже 12 лет. В одном из писем семье он писал, что очень соскучился по родине и надеется в Петербурге спокойно обработать результаты своих открытий, а также найти деньги для расплаты с кредиторами. Однако посещение родины снова не состоялось. Николай Николаевич влюбился в молодую вдову Маргарет Робертсон-Кларк, весьма симпатичную и образованную женщину, мечтавшую о карьере оперной певицы. Пока Николай Николаевич решал, ехать ему в Россию или устраивать свою личную жизнь в Австралии, разразился большой скандал. В местной прессе появились сенсационные репортажи о том, что цель эскадры контр-адмирала Асланбегова — захват Мельбурна, а "барон де Маклай" — это не кто иной, как главный русский секретный агент. На фоне этого скандала российская эскадра досрочно покинула Австралию.
Впрочем, Асланбегов, с разрешения Морского министерства, предоставил Миклухо-Маклаю возможность покинуть Австралию на борту клипера "Вестник", который тогда находился в Мельбурне. На борту "Вестника" Николай Николаевич добрался до Сингапура, где перешел на борт крейсера "Азия". На крейсере он достиг Суэца, но именно в тот момент; в июне 1882 года, началась бомбардировка английским флотом Александрии, из-за чего "Азия" надолго осталась на рейде этого города. Только в июле 1882 года Миклухо-Маклай покидает Египет и в Генуе переходит на борт следовавшего на Балтику броненосца "Петр Великий". 31 августа 1882 года броненосец "Петр Великий" бросает якорь на Кронштадтском рейде.
Зачастую единственным источником информации о злоключениях старшего брата для Владимира была газета "Голос", с которой тот заключил контракт. Газета отслеживала этапы передвижения Миклухо-Маклая и периодически получала от него краткие телеграммы. Российская публика с нетерпением ждала возвращения всемирно знаменитого путешественника. Наконец-то наладились отношения Николая с матерью.
Итак, спустя двенадцать лет после отъезда из дома Николай Николаевич вернулся на родину в ореоле европейской славы. В России он стал героем дня. Газеты и журналы сообщали о его приезде, излагали биографию, выражали восхищение его подвигами. Ученые общества Москвы и Петербурга устраивали заседания в его честь. Публичные выступления собирали громадную по тем временам аудиторию.
Разумеется, прослышав о возвращении брата, Владимир Николаевич в перерывах между плаваниями поспешил с женой в Петербург, чтобы повидаться. Надо ли говорить, сколь трогательной была встреча двух братьев! У каждого было столько пережито, что не хватило и нескольких ночей, чтобы переговорить обо всем. Познакомившись с Юлией Николаевной. Николай Николаевич одобрил выбор брата. Разоткровенничавшись, рассказал и о своих планах на скорую семейную жизнь. Вечером за бутылкой вина братья, мечтали о том, что когда-нибудь на старости лет будут вот так же сидеть за столом, но уже во главе больших семейств. Следует отметить, что при встрече с Николаем, Владимир был потрясен тем, что брат стал плохо говорить по-русски, сказался результат его двенадцатилетних странствований и пребывания на чужбине.
В ноябре 1882 года Николая Николаевича принял в Гатчине интересовавшийся его путешествиями Александр Ш. На аудиенции Миклухо-Маклай доложил о проведенных экспедициях и предложил императору программу экономических и социальных преобразовании жизни островитян, а кроме этого, пожаловался на безденежье. Александр III тут же распорядился урегулировать финансовые дела исследователя и поручил управляющему Морским министерством адмиралу Шестакову рассмотреть вопрос о Новой Гвинее. Общался Николай Николаевич и с самим Шестаковым. Потом в своей дневниковой записи адмирал назвал Миклухо-Маклая "новогвинейским царьком". Тем не менее он доложил императору о планах исследователя, в частности, предусматривающих создание в Новой Гвинее угольной базы для Российского флота. Александр III с энтузиазмом отнесся к этому предложению и поручил Шестакову рассмотреть возможность устроения подобной базы. Тот, в свою очередь, пообещал отправить путешественника в Новую Гвинею из Австралии на попутном корвете "Скобелев" (бывший "Витязь"), чтобы присмотреть для нее подходящее место.
В феврале 1883 года через Англию Николай Николаевич прибыл в Ботавию, где находился в тот момент в его ожидании корвет "Скобелев" под флагом командующего отрядом русских судов на Тихом океане контр-адмирала Н.В. Копытова. 24 февраля 1883 года корвет с Миклухо-Маклаем на борту взял курс на Новую Гвинею.