Так, в течение почти целого года, с декабря 1899 по сентябрь 1900 года, Миклуха последовательно побывал председателем приемной комиссии при экипажном и артиллерийском магазинах Санкт-Петербургского порта и исполняющим обязанности командира 18-го флотского Балтийского экипажа. Только после того как он устроил скандал, где бил кулаком по столу и требовал отправки обратно на Черное море, наконец-то было получено предписание на командирскую должность. Но на какую! Батарея "Не тронь меня", командовать которой был назначен Миклуха, входила в состав Учебно-практической эскадры и предназначалась для обучения машинистов. "Не тронь меня" являлась кораблем 1-го ранга, и назначение на нее было несомненным повышением после канонерской лодки. Удручало другое, броненосная батарея была настолько стара, что в море уже почти не выходила, а большей частью отстаивалась в гавани. Остряки насчет нее в ту пору иронизировали: "Не тронь меня, а то рассыплюсь!" Разумеется, Миклуху такое прозябание не устраивало, и он поднял шум. В отличие от Черного моря, где Миклуха хоть и имел репутацию беспокойного офицера, но все же был своим, на Балтике он был чужаком. Нежелание только что переведенного с Черного моря офицера служить на "Не тронь меня" местные чиновники восприняли как личное оскорбление.
— Что ж, — заявили они Миклухе. — Мы вполне понимаем вашу неудовлетворенность и постараемся помочь.
После этого Миклуху перевели командиром… еще более старой броненосной батареи "Первенец", которая вообще никуда не ходила. В свободное время Миклуха проводил в библиотеке Кронштадтского морского собрания, где познакомился с контр-адмиралом Макаровым. Сам кругосветчик, Макаров прекрасно знал и высоко ценил старшего брата Миклухи и очень тепло относился к нему самому. Сближало Макарова и Миклуху многое: участие в Русско-турецкой войне, любовь к дальним плаваниям и путешествиям и, наконец, одинаковые взгляды на ведение войны на море.
В Кронштадте Миклуха иногда встречался и со своим однокашником Леней Добротворским, который был фанатичным сторонником развития подводных лодок и выступал со статьями о подводном плавании в газете "Новое время" под псевдонимом Nauta. О чем бы два старых приятеля ни затевали разговор, в конце концов Добротворский обязательно переводил его на свою любимую тему.
— Вот ты, Володя, сторонник крейсерской войны в океане, но это ошибочное мнение! — начинал он из раза в раз.
— Это еще почему же? — сразу же вставал в позу вспыльчивый Миклуха.
— Да ты пойми, что с появлением подводных лодок у России появился уникальный шанс воссоздать мощь Российского флота на альтернативной технической основе — на подводном флоте. Мы заполним все океаны не твоими никчемными пароходами-рейдерами, а сотнями и сотнями подводных лодок, которые парализуют все морские сообщения наших противников!
Миклухе подводные лодки были неинтересны и вскоре от теоретических рассуждений приятели переходили к личным обвинениям.
Проходило некоторое время, Миклуха с Добротворским встречались вновь, и спор о приоритетах крейсеров-рейдеров и подводных лодок вспыхивал снова и снова.
Служба на Балтике складывалась неплохо. На летних маневрах, в присутствии Николая II и германского императора Вильгельма, маневрируя на своем древнем броненосце, Миклуха поразил обоих монархов быстротой постановки парусов и точностью стрельбы.
— Посмотри, Ники! — обратился к российскому императору его кузен — император германский. — У тебя и музейные экспонаты способны драться по-настоящему! Кто там командиром?
Николай вопросительно взглянул на стоявшего рядом адмирала Бирилева.
— Капитан 1-го ранга Миклуха! — доложился тот.
— Достойный офицер! — кивнул Вильгельм. — Я хочу его наградить!
Так, неожиданно для себя Миклуха стал кавалером прусского ордена Красного орла 2-й степени.
— Орел с орлом! — так теперь в шутку именовали его друзья.
Все вроде бы складывалось удачно. Жизнь омрачала только совместная служба с контр-адмиралом Зиновием Рожественским, который являлся командиром Учебноартиллерийского отряда.
Как мы помним, неприязнь их началась давно, еще с Русско-турецкой войны, когда оба они служили тогда на пароходе "Аргонавт": Рожественский — старшим офицером, а Миклуха — вахтенным.